Три месяца спустя Карлу удалось бежать. Он направился на остров Уайт, где заперся в замке Кэрисбрук. Оттуда он делал отчаянные попытки призвать на помощь всех друзей, которые у него еще остались в Англии, а также вел переговоры с шотландским парламентом, уговорив-таки его послать в Англию шотландскую армию. В Англии дела Карла обстояли даже лучше, чем он мог предполагать: за него готовы были выступить не только роялисты, но и часть рассорившихся с индепендентами пресвитериан.

Руководители армии отчетливо видели, что им грозит серьезная опасность, если попытки их противников не будут задушены в зародыше. Лорд Ферфакс двинулся на юг и разгромил в Кенте шедшую к королю армию роялистов. На севере, в окрестностях Престона, Кромвель и генерал Ламберт успешно повернули назад шотландскую армию. Король пытался бежать с острова Уайт, однако был захвачен в плен и водворен в хэмпширский замок Херст.

Армия одержала победу и над роялистами, и над пресвитерианами. Настал момент, когда она, созданная по воле парламента и сражавшаяся за его дело, нанесла ему страшный удар. Большинство членов палаты общин высказались за достижение соглашения с королем. Руководители армии считали, что это недопустимо, и были намерены стоять на своем. 6 декабря 1648 г. отряд полковника Прайда получил приказ арестовать пятьдесят парламентариев-пресвитериан, выступавших за мировую с королем. Таким образом, в палате общин осталась лишь половина депутатов. Все они были индепендентами и готовы были делать все, что им прикажет армия.

Теперь Карл оказался во власти индепендентов. Его под конвоем доставили из Херста в Виндзор, а затем в Лондон, где разместили во дворце Уайтхолл. Индепендентский парламент принял закон, по которому ведение войны против парламента объявлялось государственной изменой. С этой точки зрения действия короля, развязавшего гражданскую войну, оказывались преступными. Карлу I надлежало предстать перед судом.

Суд над королем начался в Вестминстер-холле 20 января 1649 г. Карл держался с презрительным хладнокровием. Он был одет в парадный черный костюм и не снял шляпы, даже сев на предназначенное для него как подсудимого место. Ввиду беспрецедентности суда над монархом члены высокого суда, верховные судьи Англии, под разными предлогами отказались от участия в процессе. Председателем суда поэтому был назначен верховный судья графства Чешир Джон Бредшоу. Однако и он прекрасно понимал, что на него возложена опасная миссия, и, боясь мести со стороны роялистов, долгое время ходил в шляпе, подбитой стальными пластинками.