Неизвестно, чем закончился бы этот день для Алексея Михайловича, если бы не подоспевшие стрелецкие полки. Они вошли в усадьбу через Спасские ворота, после отказа толпы разойтись началась кровавая расправа. Первые жертвы утонули в Москве-реке, затем пойманных стали вешать непосредственно у Коломенского: «И того ж дни около того села повесили со 150 человек, а остальным всем был указ, пытали и жгли, и по сыску за вину отсекали руки и ноги и у рук и у ног пальцы, а иных бив кнутьем, и клали на лице на правой стороне признаки, розжегши железо на красно, а поставлено на том железе “буки“, то есть бунтовщик, чтоб был до веку признатен; и чиня им наказания, розослали всех в дальние города, в Казань, и в Астарахань, и на Терки, и в Сибирь, на вечное житье… а иным пущим вором того ж дни, в ночи, учинен указ, завязав руки назад посадя в болшие суды, потопили в Москве-реке».
По разным оценкам, всего было так или иначе казнено, наказано более 15 тысяч человек. А тех, чье участие в Медном бунте не удалось доказать, заставили дать образцы своего почерка, дабы установить, кто писал те возмутившие народ «воровские листы». Грамотных, правда, в Москве было немного. В 1663 году денежная реформа была свернута. За это была заплачена чрезмерно высокая цена.
Подавление Медного бунта в Коломенском в июле 1662 года еще раз подтвердило значение этой вотчины для царской власти, необходимость ее защиты, прежде всего от своих же подданных. Интересно, что еще в конце XVI века царь Федор Иоаннович инициировал строительство стены Белого города, должной предохранять Москву от нападения внешнего врага, теперь же с укреплением самодержавия главная опасность стала исходить изнутри страны. Следовательно, внутренняя политика требовала еще большего ужесточения и сокращения каких-либо вольностей. Ответом на ужесточение стали новые бунты – восстание Степана Разина и Соловецкое возмущение.
Что же касается Коломенского, то виденные им во множестве народные возмущения придали этому селу образ выдержавшего тяжелые испытания символа верховной и незыблемой власти.
В Коломенском произошло важнейшее событие, оказавшее влияние на развитие отношений государства и церкви. Здесь летом 1646 года царь Алексей Михайлович впервые встретился с будущим патриархом Никоном. Знакомство с амбициозным мордовским интеллектуалом-церковником оставило глубокий след в душе молодого государя. Будучи на четверть века старше, Никон (род. в 1605 году) годился Алексею Михайловичу в отцы, присутствие которого рядом с царем было ох как нужно в эту трудную пору. Но процесс передачи власти был устроен так, что сын мог унаследовать престол лишь после смерти отца. Вот почему Алексей Михайлович остро нуждался в мудром и опытном наставнике, в отце, пусть и духовном.