Есть и другой пример: патриарх Филипп и Иван Грозный, чье короткое содружество плачевно закончилось и для предстоятеля, и для церкви. Случайно ли, что в 1652 году именно Никон настоял на перенесении мощей Филиппа из Соловков в Москву. Тогда же над могилой святителя Филиппа царь предложил Никону патриарший престол, освободившийся после смерти патриарха Иосифа. Никон согласился при условии невмешательства царя в дела церкви. Алексей Михайлович в ответ поклялся «послушати его во всем, яко начальника и пастыря и отца краснейшаго».

Никону, как и Филарету, удалось добиться чести называться «Великим Государем». Во время польской войны и своего долгого отсутствия в Москве царь оставлял на хозяйстве именно патриарха, повелев добавить к его титулу «Великий Господин» еще и царский титул. Неудивительно, что число врагов патриарха росло с каждым годом, к тому же сам он, не стесняясь, высказывал царю свое неудовольствие устанавливаемыми порядками, в которых видел попытку государя нарушить данную в 1652 году клятву. Противился Никон и Соборному уложению 1649 года, подчинявшему церковь государству.

В середине 1650-х годов Никон все реже бывает в Коломенском в гостях у царя, уже меньше нуждающегося в советах патриарха. Усиление самодержавия идет вразрез с отстаиваемой им независимостью церкви. В 1658 году патриарх и вовсе покидает Москву (под предлогом того, что царский чиновник ударил его слугу) и уезжает в основанный им как будущий всемирный центр православия Воскресенский Ново-иерусалимский монастырь. А тем временем раскол в русской церкви становится неизбежным.

Лишь в 1666 году царю удалось собрать Большой поместный собор, лишивший Никона сана и сославший его в Ферапонтов монастырь. Был избран и новый патриарх, впрочем, кто бы в дальнейшем ни занимал этот пост, силы и могущества Никона никому обрести было не суждено.

Насколько вероятно предположение, что Коломенский дворец Алексея Михайловича был задуман им как противовес Новоиерусалимскому монастырю Никона? Эта весьма смелая версия нуждается в серьезных аргументах. Обитель была заложена патриархом в 1656 году и по сей день считается жемчужиной русского зодчества, царь же приказал начать заготовку леса для строительства своей резиденции в Коломенском лишь через десять лет, когда о каком-либо противоборстве с амбициями Никона уже и речи не было. В этой связи можно рассматривать начало строительства дворца в 1667 году как символ окончательного подчинения церкви государству. После окончания его строительства никому и в голову не пришло бы сравнивать монастырь с дворцом, который называли восьмым чудом света.