История малайского сепаратизма достаточно давняя. В XVIII в. и ранее мелкие малайские султанаты Малаккского полуострова то были независимыми, то номинально подчинялись Сиаму. После разгрома последнего бирманцами в 1767 г. и последовавшей за этим войны за независимость правитель ближайшего к сиамским владениям султаната Паттани попытался установить контроль над теми районами центральной части полуострова, где проживали малайцы, но в 1785 г. был полностью разгромлен войсками короля Рамы I. А в 1826 г. Сиам и Британская Ост-Индская компания заключили договор о разделе сфер влияния на Малаккском полуострове. При этом сиамцы признали английскими колониями остров Пенанг и г. Малакку, тогда как англичане признали протекторат Сиама над малайскими султанатами Кедах, Келантан, Паттани, Перлис и Тренгану. Спустя почти сто лет в 1909 г. Великобритания и Сиам подписали ещё один договор, согласно которому четыре султаната перешли под британский протекторат. Территория бывшего султаната Паттани осталась в составе Сиама. Так сформировалась нынешняя тайско-малайзийская граница.

В процессе вышеописанного формирования данной границы мнения местного населения и его элиты никто не спрашивал. Да и спрашивать было бесполезно, поскольку никакого активного сепаратизма тогда и не наблюдалось. Когда после Второй мировой войны китайцы организовали партизанское движение антиколониального и прокоммунистического толка на территории британского протектората Малайя (будущая Малайзия), поддержанное этническими китайцами юга Таиланда, местные малайцы к ним не примкнули.

После того как в 1957 г. Малайя, т. е. южная часть Малаккского полуострова, стала независимым государством, малайцы, жившие в Таиланде, захотели присоединиться к своим соотечественникам, ну и пошло-поехало. Как и во всех подобных случаях, меньшинство начало качать права на тему дискриминации по этно-религиозному признаку, говорить о том, что центр выделяет мало денег и вообще «жить под властью иноверцев запрещено – религия не велит». Первая волна недовольства прокатилась в 1960–1980-е гг., когда сторонники независимости организовали несколько «национально-освободительных» движений. Самыми крупными из них были «Национально-освободительный фронт Паттани», «Движение моджахедов Исламского Паттани», «Барисан – национальная революция малайского Паттани», «Объединённая либеральная организация Паттани», «Совет исламского народа в Паттани-Берсату». До серьёзных акций дело не доходило по той банальной причине, что соседняя Малайзия ещё не была достаточно развитой страной, а страны Персидского залива ещё не накопили достаточно нефтедолларов, чтобы спонсировать терроризм во всём мире. Всё изменилось в начале XXI в., когда денег у попечителей терроризма уже было предостаточно. К тому же террористы получили поддержку от радикальной Всемалайзийской партии, правящей в султанате Келантан на территории Малайзии.