Торжественное открытие госпиталя и освящение его церкви в отдельно стоящем здании во имя Св. равноапостольной великой княгини Ольги состоялось 6 июня 1840 г.
Первое наименование госпиталя утверждено военным министром по указанию императора Николая I: «Государь император высочайше повелеть соизволил: вновь выстроенный в Санкт-Петербурге, в Рождественской части госпиталь именовать Первым военно-сухопутным Санкт-Петербургским госпиталем, а прежний, состоящий в Выборгской части при Медико-хирургической академии, – Вторым военно-сухопутным Санкт-Петербургским госпиталем. Высочайшую волю сию объявляю к сведению и исполнению».
В 1869 г. по воле императора Александра II госпиталь переименован в Петербургский Николаевский военный госпиталь. Это название он носил в течение последующих 50 лет. Даже в 1918 г. он именовался Петроградским Николаевским военным госпиталем РККА».
При открытии госпиталя во главе его стоял главный доктор (понятие «главный врач» возникнет много позже), но в 1869 г. ввели должность начальника госпиталя, на которую долгое время назначали строевого генерала, не имевшего никакого отношения к медицине. Лишь с 1912 г. на должность начальника госпиталя назначается лицо с высшим медицинским образованием. Главный доктор, являясь помощником начальника госпиталя, имел право распоряжаться медицинским персоналом, надзирателями и служителями лишь в области чисто медицинской части, а начальник госпиталя имел, таким образом, полную власть во всех областях жизни госпиталя. Хозяйство госпиталя возглавлял в первые годы его существования смотритель, назначавшийся обычно из офицеров. В помощь смотрителю назначались чиновники и писари, составляющие канцелярию госпиталя. Штат госпиталя, кроме главного доктора и его двух помощников, состоял из 18 врачей, 40 фельдшеров, аптекаря, его помощника и шести аптекарских учеников. Консультанты, один по хирургической, другой по терапевтической части, являлись помощниками главного врача и назначались из врачей, имевших степень доктора медицины и самостоятельные научные труды. Так, при открытии госпиталя помощником главного врача по хирургической части был доктор медицины, надворный советник П.А. Наранович, ставший в 1867–1869 гг. начальником Медико-хирургической академии, по терапевтической части – доктор медицины, коллежский советник К.И. Бальбиани.