Первый по времени главный врач П.Ф. Флорио для лучшей славы возглавляемого им учреждения с целью снижения смертности, которая доходила в госпиталях до 23 %, просил направлять во вновь открытый госпиталь больных преимущественно наружными, венерическими и внутренними болезнями, которые не заставляли бы опасаться за свою жизнь. Однако случившаяся вскоре эпидемия в войсках, а также недостаток коек в гражданских больницах заполнили новый госпиталь гражданскими больными, для которых была отведена почти половина коечного фонда госпиталя.
В начальный период существования госпиталя двойственность управления (хозяйственного и медицинского) нередко вызывала споры между смотрителем и главным доктором. Предмет спора иногда бывал курьезным, например, как расставлять кровати в палатах – изголовьями к центру или к стене, давать ли больным подштанники и т. д., но в них втягивались различные административные учреждения и влиятельные лица – вплоть до военного министра, а иные споры доходили и до императора. Так, он распорядился заменить тиковые халаты и одеяла суконными, ввести для всех больных подштанники, установил, что за исключением особых случаев, по усмотрению медиков, температура в палатах не должна превышать 14 градусов…
Для ухода за больными в первые годы существования госпиталя назначались солдаты-инвалиды. Затем в штат госпиталя была введена госпитальная команда, состоящая из палатных надзирателей и служителей для ухода за больными. Госпитальная команда в количестве 341 человека была подчинена смотрителю госпиталя. 28 июня 1881 г. утверждено новое положение Военного совета о порядке комплектования госпитальных команд. Ранее в нее входили люди, прослужившие в войсках не менее трех лет. Они исполняли свои обязанности неохотно. Новым положением было установлено комплектование госпитальной команды солдатами-новобранцами.
Форма одежды нижних чинов госпитальной команды во всех округах была однообразной и имела на погонах начальные буквы того округа, к которому госпиталь принадлежал. Не было отличия в форме одежды служителей разных госпиталей. Приказом по Военному ведомству 1888 г. за № 284 была введена новая шифровка на погонах и шапках для команд всех госпиталей. Петербургскому Николаевскому военному госпиталю присвоили следующую шифровку: на околыше фуражки – «П.Н.Г.», на погонах – на верхней строке «П» (Петербургский – название округа), на нижней строке – «Н.Г.» (Николаевский госпиталь).