Только с весной миновали бедствия: теплая погода способствовала излечению больных; появилась возможность доставки продовольственных припасов. Но зато с весной же явились другие беды: потеряв почти половину воинов от голода и болезни, Ермак начал нести значительную убыль в силах от легковерия и неосторожности. Первый его атаман Иван Кольцо и с ним 40 казаков пали жертвой вероломства в улусе мурзы Карача на реке Туре. Последний, покинув Кучума, коварно заискивал перед завоевателями, выражая свою покорность дарами, клялся в верности, но готовил измену и ждал лишь времени и случая, чтобы, подняв инородцев, избавить Сибирь от пришельцев.
Другой атаман, Михайлов, подошедший к улусу для разведки, был также убит. Восставшие данники, татары и остяки сибирские, соединились в Поле с Карачею и необозримыми кибитками обложили Искер, где Ермак, с горстью сподвижников, оказался в тесной осаде: быстро было завоевано царство, но еще быстрее он мог потерять его.
Из всего обширного царства он владел теперь только тем, что непосредственно занимала его дружина, – несколько саженей деревянной стены и земляные укрепления Искера. Положение дружины стало трудным: делать вылазки было опасно – потеря каждого казака или стрельца была невознаградима: производить стрельбу было безполезно, неприятель стоял в 3 верстах, и стрельба из легких пушек Ермака не имела такой дальности; продолжительная осада крепости грозила голодной смертью ее защитникам. К счастью, отчаянно-удачная вылазка атамана Мещеряка, с частью отряда, выручила осажденных из беды: 12 июня, ночью Мещеряк с казаками прокрался сквозь обозы неприятеля к стану Карачи, напал на сонных татар, часть их умертвил (в том числе двух сыновей Карачи), другую обратил в бегство. На рассвете Карача собрал своих татар и напал на казаков, засевших в захваченном княжеском обозе, надеясь подавить их числом; но казаки ружейной стрельбой отбили все нападение татар и в полдень с торжеством возвратились в город, ими освобожденный, так как Карача, потеряв надежду одолеть казаков, ушел за реку Ишим.
Таким образом, судьба еще раз благоприятствовала героям и спасла их от неминуемой, казалось, гибели. Чтобы наказать врага и обезопасить себя на будущее время, Ермак со слабой уже дружиною, в 300 человек, двинулся вслед за Карачею, вверх по Иртышу, распространить на восток владение России; в эту последнюю экспедицию он завоевал все места до Ишима, взял несколько городков, достигнул реки Шиши, где начинались голые степи, и, распределив дань в этом новом завоевании, возвратился в Искер с трофеями, но уже последними.