Со вступлением в должность войскового атамана Данила Ефремов, кроме своих дипломатических способностей, выказал также военные и особенно административные. Так, когда в 1738 г. татары, собравшись в большом числе, разорили Быстринскую станицу и напали на Каргальскую, то атаман собрал войско, «сколько оного из оставшихся за командированием в армии казаков в домах найтиться могло», разбил и прогнал татар обратно к Кубани. В следующем году набег повторился, но татары снова были разбиты в верховьях речки Грушевки. Для предотвращения новых разорительных набегов присланные на Дон в 1738 г. 67 пушек разместили по городкам, более других подвергавшимся набегам, и установили раз навсегда определенный образ действий против внезапных нападений неприятеля.

Чтобы обезопасить город Черкасск от татарских набегов и защитить его от разлива воды, атаман Ефремов начал обносить город каменной стеной. Из крепости Св. Дмитрия донесли о том, что атаман укрепляет город. Ефремова вызвали в Петербург, но, по исследовав дело, отпустили на Дон, разрешив ему достроить стену деревом, но лишь с турецкой стороны, а со стороны же российской каменного строение крепости не производить.

12 августа 1744 г. страшный пожар истребил весь Черкасск. Сгорела соборная церковь, в которой хранились все войсковые реликвии: жалованные грамоты и клейноды, богатая ризница и казна. Донося об этом, атаман Ефремов просил, чтобы вместо сгоревших жалованных грамот и клейнодов были присланы новые. В 1746 г. императрица Елизавета вновь пожаловала войску грамоты и знаки атаманского достоинства.

В 1749 г. Ефремову был пожалован портрет императрицы Елизаветы с бриллиантами; в том же году, за приезд в Москву, награжден 300 рублями и кроме того, на ковш и саблю по 50 рублей.

Пробыв в звании войскового атамана 15 лет, Данила Ефремов, в 1753 г., просил по преклонности лет об увольнении его от атаманства. Императрица приняла просьбу, пожаловав его чином генерал-майора, а сына его Степана Даниловича Ефремова – войсковым атаманом, с тем чтобы он «в нужных делах случающихся по граничному месту и по внезапных приключениях по ордерам и наставлениям отца поступал». В 1755 же году снова повелено было состоять под главным начальством Данилы Ефремова как войсковому атаману, так и всему войску Донскому.

Началась Семилетняя война, потребованы были казаки в действующую армию, и Данила Ефремов, несмотря на свои преклонные лета, изъявил желание принять команду над донскими казаками, снаряженными в Померанию. По окончании войны высочайшей грамотой 1759 г. Данила Ефремов пожалован был в тайные советники «за добропорядочный поход через Польшу, – как сказано в грамоте, – за оказанные во время Померанской кампании дела мужества и особенно за весьма исправную в войске дисциплину».