Во время визита в Вашингтон премьер-министр СФРЮ Анте Маркович сообщил президенту США Джорджу Бушу, что в союзных республиках обострились межэтнические противоречия. В ответ Буш предложил Марковичу придерживаться программы МВФ. Маркович так и сделал, и к процедуре банкротства дополнительно привлекли более тысячи государственных предприятий. Вскоре после этого 650 000 югославских рабочих объявили забастовку, несмотря на разделявшие их национальные различия.

В этой непростой обстановке победу на президентских выборах в 1989 году одержал председатель Президиума Союза коммунистов Сербии Слободан Милошевич. Он хотел одновременно решить экономические проблемы и сохранить СФРЮ, не дав ей распасться на независимые государства. Милошевич сразу же отказался следовать дальнейшим указаниям МВФ и США и приостановил уже начатые структурные реформы. Это вывело из себя западные державы. Ответный удар последовал месяцем позже: в ноябре 1989 года Соединенные Штаты приняли Закон об ассигнованиях на зарубежные операции 101–513, который, помимо сокращения помощи федеральному правительству Югославии, в Разделе 599а предусматривал немедленное проведение выборов в каждой из шести республик. Из этого следует, что Вашингтон был за расчленение Югославии и ее ребалканизацию. Законность этих свободных выборов должны были оценивать Соединенные Штаты. Если победителей на республиканских выборах признали бы достаточно демократичными, их осыпали бы деньгами, возобновив платежи в рамках программы помощи. Партии сепаратистов вскоре стали получать по почте чеки от американского правительства.

В июне 1991 года две югославские республики из шести, Хорватия и Словения, провозгласили независимость от СФРЮ (которая теперь все чаще выступала как Республика Сербия). Новое правительство Хорватии начало свою деятельность с того, что лишило многочисленное сербское население гражданства, работы, пенсий, землевладений и паспортов. Милошевич послал войска в Словению, сославшись на то, что она нарушила порядок отделения от федерации, закрепленный в конституции Югославии. Евросоюз ответил тем, что ввел эмбарго на торговлю с Югославией, нанеся тем самым серьезный удар по экономике федеративной республики, которая наладила обширные внешнеэкономические связи с остальной Европой. Милошевич отступил и признал независимость Хорватии и Словении. Осенью 1991 года из состава Югославии вышла Македония, но сделала это мирно, сохранив дружественные отношения с Белградом. Этнические сербы в Хорватии, очутившиеся в стране, не имевшей никакого отношения к Сербии и к остаткам федерации, в течение четырех лет сражались за независимость Сербской Краины от Хорватии, ставшей, по их мнению, на путь неофашизма. В итоге сербов-граничар изгнали из Хорватии, причем на этом этапе этнических чисток хорватам помогали американские военные.