До образования федерации Хорватия и Словения были независимыми республиками, в отличие от Косово и Воеводины, которые имели статус автономного края в составе Сербии. Милошевич отказался предоставить независимость Косово и подавил сопротивление экстремистской Армии освобождения Косова — организации, признанной Госдепартаментом США террористической группировкой и существовавшей за счет торговли наркотиками. К этому времени Соединенные Штаты решили встать на сторону сепаратистов в гражданской войне в Сербии и в открытую поддерживали Освободительную армию Косова. Американская пресса демонизировала Милошевича. В новостях о нем говорили исключительно как о «тиране» и «диктаторе», хотя сербский народ продолжал избирать его президентом. Номер Newsweek от 4 января 1993 года является прекрасным примером того, как освещали американские СМИ события в Югославии: корреспондент еженедельника сообщил об изнасилованиях 50 000 мусульманских женщин сербской милицией. Статья была написана на основании доклада Европейской комиссии, заключившей, что насилию, возможно, подверглись около 20 000 женщин. Симона Вейл, член комиссии по расследованию преступлений и президент Европейского парламента, опротестовала выводы Еврокомиссии, поскольку те были основаны на показаниях двух женщин.

Босния-Герцоговина, еще одна из шести югославских республик, провозгласила себя независимым государством в 1992 году, и Милошевич вскоре вывел федеральные войска с ее территории, фактически признав отделение Боснии. В тот год Югославия при посредничестве Евросоюза заключила мирный договор с военизированными боснийскими группировками. В марте 1992 года все участники конфликта подписали договор, по которому за Боснией был закреплен статус союза автономных областей. Но Соединенные Штаты пообещали одному из участников соглашения, Алие Изетбеговичу, президентство в Боснии, если тот отзовет свою подпись, уничтожив мирные договоренности. Алия Изетбегович сделал, как сказано, и стал первым президентом Республики Босния и Герцоговина. В Боснии началась гражданская война, продолжавшаяся три года. Этнические сербы в Боснии встали на защиту своих территорий с оружием в руках, доставшимся в наследие от покинувшей автономию Югославской народной армии. Приход к власти Изетбеговича, мусульманского фундаменталиста, трижды отбывшего срок за «разжигание межнациональной розни» и выступавшего «за этническую чистоту Боснии», вызвал ужас у сербов.

Во время гражданской войны в Боснии этнические сербы, утратившие политические связи с Сербией, попытались соединить две исконно сербские территории 300-километровым коридором, проложив его через горы и оттеснив оттуда мусульманских крестьян. Их обвинили в этнических чистках. Следует отметить, что умеренные мусульмане в Боснии не меньше сербов опасались пришедших к власти фундаменталистов.