В это время ряд российских славистов был обвинён в «реакционном панславизме», в то время как национальные историки — украинские, белорусские — получали ярлык «буржуазных националистов»[238]. В таких условиях Н.С.Державина, видимо, смогла спасти только верность идеям «нового учения о языке» Н.Я.Марра. Но потребность государства в продолжении разработки славянской тематики привела к восстановлению славистических научно-исследовательских структур.
Уже в ходе Великой Отечественной войны — в 1942 г. — Президиум Академии наук СССР поручил Н.С.Державину организовать и возглавить Славянскую комиссию, включённую в 1946 г. в состав восстановленного Института славяноведения. Таким образом, Н.С.Державин непременно находился во главе ведущих научно-исследовательских учреждений СССР, занимавшихся славянской тематикой.
В довоенное десятилетие расширяется тематика славистических исследований Н.С.Державина. На протяжении 30-х гг. XX в. он подготовил к печати ряд монографий, посвящённых новой болгарской литературе (о Стояне Михайлове, об Алеко Константинове и др.), были закончены два тома «Истории Болгарии с древнейших времён до начала XIX в.». Советское славяноведение Н.С.Державин представляет на международном уровне. Так, в 1929 г. он участвовал в Международном конгрессе славянских филологов в Праге, а в 1933 г. — в V Международном конгрессе историков в Варшаве.
С началом Великой Отечественной войны деятельность Н.С.Державина ещё более активизировалась. Он выступал с многочисленными публичными лекциями, докладами, статьями, брошюрами, посвящёнными борьбе с агрессором, деятельно участвовал в организации в Москве всеславянских митингов и митингов учёных-антифашистов. В апреле 1942 г. он был избран председателем. Антифашистского комитета советских учёных. В то же время осуществлялась работа Н.С.Державина по изучению этногенеза славянских народов.
В 1944 г. был опубликован один из основных его трудов «Происхождение русского народа: великорусского, украинского, белорусского». Значимость этого труда как в полной мере отразившего официально-партийное видение исторического прошлого восточного славянства, была оценена тем, что за пего (а также за работы «Славяне в древности» и «Христо Ботев, поэт-революционер») Н.С.Державин в 1948 г. получил Сталинскую премию 1-й степени.