Моссад еще никогда не испытывала такого унизительного поражения. Разразился международный скандал по поводу того, кого же на самом деле можно считать террористами: палестинцев или израильтян? Канада, возмущенная не первым случаем использования израильской разведкой ее паспортов, которые официально предназначались для еврейской эмиграции на «землю обетованную», потребовала четких объяснений на сей счет. Король Иордании расценил эту террористическую акцию как серьезный удар по взаимному доверию между двумя странами и потребовал официальных извинений.

Эти требования были приняты Израилем. В Амман лично вылетел директор Моссад Ятом, который привез с собой противоядие. Созданная по распоряжению Нетаньяху комиссия Чехановера, расследовавшая это дело, установила, что решение об убийстве Машаля было принято 1 августа 1997 года по инициативе самого премьер-министра Израиля Нетаньяху и министра обороны. Директор Моссад пытался возложить вину за провал операции на своих подчиненных, однако это вызвало бурю возмущения в рядах спецслужбы. Комиссия Чехановера не согласилась с его мнением и рекомендовала Нетаньяху сместить Ятома с поста главы Моссад. Одновременно его отставки потребовали также главы соседних арабских государств. Между тем израильское правительство отказалось удовлетворить требование комиссии. В специальном заявлении оно отметило, что кадровые вопросы в Моссад при всех обстоятельствах будут решаться без иностранного вмешательства, и Ятом сохранил свой пост.

В конце февраля 1998 года швейцарские спецслужбы задержали группу из пяти агентов Моссад, которые пытались установить подслушивающую аппаратуру в иранском представительстве при отделении ООН в Женеве. Было выяснено, что трое из них работали с телефонным распределителем в подвале дипломатического особняка, двое страховали их действия на улице. Поскольку операция проводилась в ночное время, подозрительная возня агентов Моссад привлекла внимание бдительных прохожих, которые вызвали полицейских. Расследование, проведенное швейцарской полицией, показало, что в этом особняке проживает гражданин Швейцарии ливанского происхождения по имени Зейн. Он подозревался в связях с проиранской организацией Хезболла. Швейцарские власти решили сохранить эту информацию в тайне, однако в самом Израиле произошла ее утечка в печать. Источником этой информации, как подозревают, стала либо сама Моссад, либо МИД Израиля. Разгорелся международный скандал, и Швейцария потребовала от Израиля официальных извинений. В результате директор Моссад Ятом на сей раз был вынужден подать в отставку.