Изучая географию фамилий разных народов мира, В. А. Никонов убедительно показал, как сложнейшие вопросы исторических судеб народов могут быть решены с помощью фамилий. Выявив, например, ареал распространения фамилии Кузнецов в Орловской области, ученый отмечал, что граница ее преобладания удивительно совпадает с южным рубежом Московского государства середины XVI в.

Появление фамилий в Европе происходит довольно поздно, и первые из них возникают на севере Италии в X—XI вв. В России же фамилии начали формироваться на несколько веков позже. Исторический подход позволил исследователю сделать вывод, что в каждой стране становление фамилий проходило многие этапы, причем разными путями. Владимир Андреевич определил характерные черты этого процесса: фамилии распространялись по территории страны постепенно; они возникали в определенных социальных слоях и обслуживали их интересы.

Особое внимание ученый уделял лексическому анализу слов, которые могли послужить основами фамилий. Он обнаружил, например, что многие архангельские фамилии восходят к диалектным основам. Так, Бородин — от северного борода, означающего общую помощь при уборке урожая. В фамилии Мячин сохранилось псковское мячить — «невнятно говорить, мямлить».

Страстное служение науке, присущее В. А. Никонову, притягивало к нему людей, порой определяло всю их дальнейшую научную судьбу. Владимир Андреевич был создателем и руководителем топонимической комиссии Московского филиала Географического общества СССР, группы ономастики в Институте языкознания АН СССР. Более 20 лет он руководил группой ономастики в Институте этнографии АН СССР. Под его руководством был проведен ряд всесоюзных конференций по топонимике, антропонимике, ономастике, выпущено более 20 научных сборников.

Владимир Андреевич был увлеченным пропагандистом науки, ярким, запоминающимся лектором. Во многих вузах страны читал он спецкурсы по ономастике. Его научные статьи и книги написаны как темпераментные, эмоциональные обращения к читателям. Автор объясняет, спорит, анализирует, зовет к размышлению. За его утверждениями стояли десятилетия неустанного научного поиска.

Со многими читателями В. А. Никонова связывала многолетняя переписка. Писали ему и те, кто интересовался происхождением своей фамилии, и те, кто предлагал свои версии на этот счет. Читательскими откликами Владимир Андреевич — одинокий в последние годы жизни — гордился, находил в них дружескую поддержку и источник вдохновения. Забирая домой очередную пачку писем, пришедших на его имя в институт, он полушутя говорил: «Вот и слава пришла!»