Служебная карьера М.Кундухова складывалась в России довольно успешно. В 1861 году он был утверждён в должности начальника Чеченского округа. С 1863 года М.Кундухов был зачислен в армейскую кавалерию при Кавказской армии. Великий князь Михаил Николаевич поручил генерал-майору Кундухову, во время пребывания его летом 1864 года в Константинополе, войти в негласное сношение с турецким правительством относительно того, в какой мере и каким образом могла бы быть осуществлена мысль о переселении в Турцию части чеченского населения. Мусса Кундухов провёл переговоры с представителями турецкого правительства, которые дали согласие на переселение 5 тысяч семей чеченцев. После возвращения на родину он начал вести активную пропагандистскую работу. М.Кундухов разъяснял людям, что во время его поездки в Турцию лично султаном были обещаны всем переселяющимся вместе с Кундуховым большие льготы и полная независимость, в чём турецкое правительство отказало другим туземцам. Якобы именно ему была оказана высокая честь избрать дорогу в Турцию не морем, а по суше. По заявлениям Кундухова, после его переселения в Турцию с представителями разных народов, в дальнейшем переселение будет запрещено. Многие жители в панике стали распродавать своё имущество и собираться в Турцию[1416].

«В откровенных разговорах Мусса Кундухов не раз высказывал уверенность, — писал М.Т. Лорис-Меликов, — что турецкое правительство поручит ему управление переселившимися в Азиатскую Турцию горцами и что главною заботаю его при этом будет стянуть горское население в одно место, образовать отдельную область сначала на особых правах, а потом — с известной степенью независимости»[1417]. Одним из главных условий успеха в проведении агитационной работы генерал Кундухов ставил полную негласность его личного участия в этом деле. Он был уверен, что никакие старания его не будут иметь благоприятного исхода, если только население узнает, что он действует с ведома правительства[1418]. Горцы не подозревали, что в 1865 году российское правительство дало Кундухову разрешение на беспрепятственное возвращение его на родину, если условия жизнедеятельности в Турции ему не подойдут[1419]. Характерно, что во время русско-турецкой войны 1877–78 гг. М.Кундухов воевал против России, командуя турецкой дивизией, которая дислоцировалась в том самом Карсе, где проживали чеченцы и в штурме которого принимал участие М.Т. Лорис-Меликов. После победы в Турции, М.Кундухов предполагал прибыть на боевом коне на Кавказ, во главе мухаджирского войска, чтобы захватить власть[1420].