В дальнейшем самолеты этого типа небольшими группами применялись по всему Восточному фронту, в массовом порядке они участвовали в операциях по снабжению и эвакуации Крыма весной 1944 года. Помимо этого Ме.323 использовались в различных исследовательских программах. Их производство было прекращено в апреле 1944 года. Всего на вооружение «Люфтваффе» поступило 198 самолетов этого типа (в основном модификации D и Е), почти все они состояли в 5-й транспортной эскадре.
Размах крыла 55 м
Длина машины 28,5 м
Высота машины 9,6 м
Площадь крыла 300 кв. м
Вес пустой машины 29 (28) т
Максимальный взлетный вес 45 (43,6) т
Двигатели шесть «Гном-Рон» 14N 48/49
Взлетная мощность 1140 л. с. (1035 л. с. на высоте 4800 м)
Максимальная скорость 240 км/ч при весе 32 т, 200—230 км/ч при весе 45 т на высоте 1500 м
Экономическая скорость 208 (190) км/ч на высоте 1500 м