В 1779–1785 годах северную часть крепости облицовывают гранитом. К этому времени левый берег Невы здесь уже был одет в гранит. По легенде, Екатерина II, выглянув однажды в окно Зимнего дворца, возмутилась «простецким видом» крепостных стен и тут же распорядилась привести их в соответствующий вид. Пожелание её, конечно же, выполнили, однако всё, что не видно из кабинетов Зимнего дворца, так и осталось красного цвета.

Для посетителей крепость впервые была открыта в начале XIX века, в период царствования императора Александра I. Постепенно крепость становилась также и мемориальным музеем. Сейчас на территории Петропавловской крепости находится Музей истории города.

Кстати, в акватории Невы у Заячьего острова 28 июня 1968 года появилась шхуна под алыми парусами. Так был впервые проведён праздник «Алые паруса», ставший ежегодным для выпускников школ и профтехучилищ города. Название праздника связано с одноимённой феерией писателя Александра Степановича Грина. В первые годы проведения праздника неотъемлемой частью его был приход в Неву шхуны под алыми парусами.

Одна из трагических историй Петропавловской крепости связана с именем так называемой княжны Таракановой. Это ей Заячий остров обязан появлением первого дамского привидения.

У неё было много имён – госпожа Франк, Шель, Тремуйль, Али-Эмете, принцесса Владимирская, Элеонора, принцесса Азовская, принцесса Елизавета Владимирская – всероссийская княжна. А вот именем Тараканова она никогда не пользовалась, так её назвали историки, пытаясь докопаться до истины. Никто точно не знает, кто она. Можно только догадываться, сколько было лет этой таинственной женщине и откуда она родом.

По словам самой княжны, она была дочерью императрицы Елизаветы Петровны и её фаворита Алексея Разумовского.

Все без исключения отмечали необыкновенную внешность княжны. Своей красотой она покоряла сердца богатых поклонников. И успешно опустошала их кошельки.

В 1774 году княжна, поддерживаемая поляками (есть версия, что это вообще был «польский проект»), объявила себя сестрой Пугачёва и претенденткой на российский престол. Она заявляла, что Елизавета I передала ей права на престол, а Петра III обязала воспитать царевну, однако немилосердный монарх отправил её в сибирские леса, откуда под покровом ночи она бежала в столицу донских казаков. Её преследовали и пытались отравить, поэтому ей пришлось бежать в Персию. Там она не только жила в роскоши и неге, но и занималась с педагогами. Самозванка пыталась заручиться поддержкой многих влиятельных людей, однако её обращения не имели никакого успеха.