Практически лишенный честолюбия и сторонившийся политики, Ней не признавал над собой никаких авторитетов, кроме Наполеона. Действуя в Испании в 1808–1811 годах, он неоднократно вступал в конфликт со своим непосредственным начальником маршалом Массена, иногда просто отказываясь выполнять его приказы. В конце концов за ряд поражений Ней был освобожден от занимаемой должности и снова вынужден был оставить действующую армию.

Перед походом в Россию Наполеон назначил Нея командиром 3-го пехотного корпуса, который входил в состав главных сил Великой армии. В Бородинском сражении Ней командовал центром армии Наполеона, атаковавшим Семеновские флеши. За участие в этой битве Наполеон удостоил Нея титулом князя Московского (французы называют Бородино «Московским сражением»).

Во время отступления от Москвы Ней командовал арьергардом французской армии и был разбит в сражении при Красном. При переходе через Березину он сумел поддержать на переправах железный порядок и тем самым спасти остатки деморализованной Великой армии. В кампании 1813 года успешно действовал в сражениях при Лютцене, Бауцене и Дрездене. После поражения Удино при Гросберене (23 августа 1813 года) сменил его на посту командующего войсками, действовавшими в районе Берлина, но сам был разбит 6 сентября у Денневица прусским генералом Бюловым и бывшим наполеоновским маршалом Бернадотом (ныне шведским кронпринцем Карлом-Юханом). Был тяжело ранен в «Битве народов» при Лейпциге. В 1814 году сражался у Бриенна, Монмираля, Краона и при Шалон-сюр-Марн, а затем пытался организовать партизанское движение против союзных армий в Восточной Франции. Но когда после капитуляции Парижа наполеоновская армия сконцентрировалась у Фонтенбло, именно Ней уговорил Наполеона отречься от престола и прекратить ставшее бессмысленным кровопролитие.

Новый король Людовик XVIII назначил Нея пэром Франции, членом Военного совета и командиром 6-й дивизии королевской армии. Но в период «Ста дней», посланный против с триумфом двигавшегося к Парижу Наполеона, 17 марта 1815 года в Безансоне Ней перешел с войсками на его сторону. После этого он вновь подал в отставку и уехал к себе в поместье, однако ввиду готовящейся интервенции 7-й антифранцузской коалиции Наполеон попросил его вернуться в армию. Приняв командование над 1-м и 2-м корпусами, 16 июня Ней выдержал бой с армией герцога Брауншвейгского у Катр-Бра, при Ватерлоо он командовал центром наполеоновской армии, проявив при этом исключительную храбрость.

Вернувшись в Париж после поражения, на заседании палаты пэров он советовал вновь примириться с Бурбонами, а затем пытался скрыться в Швейцарии, но 19 августа 1815 года был арестован на юго-восточной границе Франции. Рассматривая Нея как главного виновника своего позора в марте 1815 года, Бурбоны предали Нея военному суду, однако суд отказался признать свою компетентность в этом деле. Несмотря на протесты многих верных монархии военных, Палата пэров вынесла вердикт о виновности маршала в государственной измене, и Мишель Ней был расстрелян в Люксембургском саду в Париже 7 декабря 1815 года.