Среди трактатов «герметического корпуса» Фичино особо выделяет «Поймандр» и «Асклепий». Особенно его привлекает мысль об особом призвании человека. И Гермес и Библия говорят о человеке как о высшем из тварных существ, как об образе Божием, обе книги ставят перед человеком задачу совершенствовать мир, но только Гермес говорит о методе, посредством которого человек может применить свою божественную сущность в мире. В герметических трактатах огромное количество рассуждений об астрологии, магии и оккультизме. Фичино увлекают эти магические идеи, в них он не видит ничего демонического, в отличие от официальной Церкви. Наоборот, магия для Фичино — это орудие, посредством которого человек может выполнить заповедь Божию «наследовать землю». Он отличает высокую, христианскую магию от низкой, демонической. Истинными магами были волхвы, предсказавшие рождение Христа посредством астрологии, да и Сам Иисус Христос преподавал ученикам иногда уроки магии — в чудотворениях и исцелениях больных.

Об этом Фичино пишет не только в примечаниях на полях переводимых им работ Гермеса, но и в собственных работах: «О христианской религии», «Платоновская теология о бессмертии души», «О жизни», «Толкование на „Пир“ Платона» и др. В частности, в первой работе Фичино высказывает мысль, что существует некая всеобщая религия, а все остальные религии в той или иной мере причастны ей. Мудрость возникает от прикосновения к истине, ее светом первыми были освещены Гермес, Орфей и Пифагор, Платон смог возвыситься к истине силами своего разума (логоса). Христос — это Сам воплотившийся Логос, поэтому христианство — это наиболее полное выражение истины. Сочинения Гермеса, Орфея, Пифагора, Платона и платоников легко согласуются с христианским учением, поскольку и то и другое проистекает из одного и того же источника — Божественного Логоса.

Благодаря покровительству Медичи Марсилио Фичино стал католическим священником, что не мешало ему произносить проповеди о божественном Платоне и возжигать свечи в храме перед его бюстом. Более того, как видно из его учения о способе познания истины, это вполне естественно, ведь платонизм есть не что иное, как рассудочное выражение евангельского учения. Цель своей деятельности Фичино видел в том, чтобы объединить философию и религию, платонизм и христианство в некой «ученой религии».

Философию Фичино рассматривал как сестру религии, а о мире учил по образцу неоплатоников, считая его иерархически упорядоченным. Иерархия мира насчитывает, по мнению Фичино, пять ступеней: Бог, ангелы, душа, качества и материя. Бог дает миру красоту и единство. Божественную Троицу Фичино сравнивал с тремя ипостасями Плотина, считая, что обоснование трех ипостасей у Плотина — это и есть обоснование христианской Троицы. Мир находится в единстве, благодаря тому что берет начало от Бога. Поскольку мир берет начало от Бога, он охватывается красотой; поскольку мир связывается Богом, он связывается любовью; поскольку мир в конце концов соединится с Богом, он связывается наслаждением. Душа находится посередине этой иерархии и связывает все ее звенья. Таким образом, центром иерархии оказывается не Бог, а человек. Человеческая душа в этой иерархии играет особую роль. Она содержит в себе образы вещей божественных, от которых она зависит, но она же есть причина и образец для всех вещей низшего порядка, которые она некоторым образом сама же и производит. Она посредница всех вещей и поэтому имеет способности всех вещей. Она проникает во все, является истинной связью всего. Поэтому ее справедливо можно назвать центром природы, посредницей всех вещей, сцеплением мира, лицом всего, узлом и связкой мира. По сути, это метафизическое обоснование той высокой магии, сторонником которой является Фичино. Именно человек обязан выполнить божественную миссию в мире, поскольку человек — это центр мира, он связующее звено между Богом и миром.