Главной своей задачей Пико считал всеобщее примирение философов и различных религий, ведь все религии и философии происходят от одной истины, содержащейся в универсально понятом христианстве. Правда, для этого надо творчески, аллегорически прочитать Библию и понять ее в свете платоновских идей. Пико считает, что мир устроен иерархически, но, в отличие от Плотина и других неоплатоников, Пико говорит на языке христианских понятий и утверждает, что мир имеет три уровня: ангельский, небесный и элементарный. Эти миры соподчиняются, они вечны (в том числе и материальный мир), ибо Бог, творящий их (а творит Он не из ничего, а эманатийно, в силу Своей сущности, как считал и Плотин), вечен. Сам мир прекрасен. Здесь Пико вторит многим своим современникам-гуманистам, но парадоксальным образом отрицает наличие красоты в Боге, ибо красота, по его утверждению, предполагает в себе некоторую асимметрию, элемент безобразного. В Боге же нет никакой асимметрии, в Нем нет ничего безобразного, поэтому в Нем нет и никакой красоты.

Пико делла Мирандола не отрицает библейскую картину мира, однако считает, что в Библии даны лишь некоторые образы, которые философ должен аллегорическим образом истолковать. В Библии дано грубое, народное описание творения мира. Иерархия уровней связывается Богом, Который находится не над иерархией, а пронизывает ее Собою. Весь мир есть то, в чем находится Бог, т. е. Бог есть все во всем; Бог — это совершенство вещей, их сущность. Поэтому Пико делает вывод: вещь, избавленная от несовершенства, есть Бог. Если мы утверждаем, что Бог есть все во всем и в каждой индивидуальной вещи есть Бог, то, поскольку Бог есть сущность, основа бытия этой вещи, можно сказать, что каждая вещь, лишенная своей индивидуальности, своего несовершенства, и представляет собою Бога.

Большой вклад внес Пико делла Мирандола в понимание природы в научном смысле, ибо он был, пожалуй, первым из философов, который стал утверждать, что Бог, понимаемый в неоплатоническом смысле, создает мир сообразно некоторым математическим законам. Бог, создавая мир, имел перед Собой геометрию, арифметику, алгебру и другие науки, и поэтому окружающий нас мир построен по этим же математическим законам. Впоследствии на основе этой мысли выдающиеся ученые Нового времени разработают концепцию математического естествознания. А одним из первых философов, высказавших эту мысль, был Пико делла Мирандола — мысль, которую впоследствии афористично выскажет Галилей: «Книга природы написана языком математики». Пико этого не сказал, но эта идея у него возникает.