В своей диссертации В. Н. Бочкарев предложил деление «феодальной войны» на четыре этапа. Первый этап составил хронологический промежуток 1425–1434 гг., который распадался на несколько периодов: 1425 г., 1431–1432 гг., 1433–1434 гг. [Бочкарев 1944, т. 1: 9–35]. Второй вехой противостояния исследователь считал время с июня 1434 по сентябрь 1436 г.: «На этом этапе феодальной войны противником Василия II выступает сын Юрия Галицкого – Василий Косой, а ареной борьбы является, главным образом, Верхняя Волга и обширное пространство к северу от нее… Василий Косой в свою борьбу с великим князем Василием Васильевичем втягивает наиболее отдаленные от великокняжеского центра территории и города – Вятку, Бежецкий Верх, Вологду, Устюг Великий» [Бочкарев 1944, т. 1: 57]. Третий этап начинался с июня 1445 г., когда Дмитрий Шемяка не выслал своих войск против татар, и заканчивался возвращением Василия II в Москву 17 февраля 1447 г. В этом промежутке большое значение имел факт пленения Василия II сыновьями Улуг-Мухаммеда в бою под Суздалем 7 июля 1445 г. [Бочкарев 1944, т. 1: 93]. Тогда влияние на ход развития событий оказало «недовольство широких масс княжеско-боярскими группировками» [Бочкарев 1944, т. 1: 99]. Четвертый, заключительный, этап войны был связан с действиями Дмитрия Шемяки и продолжался вплоть до его кончины в Новгороде в 1453 г. Последние годы княжения Василия II исследователь осветил в главе «Эпилог феодальной войны» [Бочкарев 1944, т. 1: 226–298].

В. Н. Бочкарев писал о вкладе духовенства и боярства в победу Василия II [Бочкарев 1947а: 51–59]. Но не менее значимым для него, как и для В. О. Ключевского, было совпадение процессов освоения земель Северо-Восточной Руси и стремления к власти князей Москвы: «Захватническая политика Московских князей, ломая прежние удельные рамки, шла вслед за колонизационным продвижением широких масс населения, интересы которого в этом отношении совпадали с династическими стремлениями московских Даниловичей. Вот почему в бурные годы феодальной войны старшая великокняжеская линия потомков Ивана Калиты нашла себе прочную поддержку в городских и сельских слоях населения Окско-Волжского междуречья» [Бочкарев 1944, т. 2: 166].

По мнению В. Н. Бочкарева, также и откликом на опасность внешних вторжений стало появление в обществе «громадного дружного порыва всех прогрессивных сил страны сплотиться и объединиться вокруг наиболее сильного феодала и поддержать его в борьбе как с феодальным сепаратизмом, так и с татарской агрессией» [Бочкарев 1947б: 10].