С высочайшего разрешения императора Николая II в начале 1897 г. образован комитет для сбора пожертвований на сооружение собора под председательством Н.И. Казнакова. Весь Петербург и весь Кронштадт, начиная с членов императорской фамилии и высших государственных чиновников и до отставных матросов самого скромного достатка, вносили деньги на строительство храма. Значительную сумму собрали моряки, отчислявшие с 1898 по 1913 г. одну четверть процента от своего жалованья. Всего же собрали 280 000 руб., чего, конечно, было явно недостаточно, но в данном случае важна и причастность к столь важному и благородному делу.
В 1897–1898 гг. провели два конкурса проектов, но 26 июля 1899-го Николай II утвердил проект архитектора А.И. Томишко, в конкурсах не участвовавший. В 1900 г. учрежден комитет по постройке храма под председательством главного командира Кронштадтского порта вице-адмирала С.О. Макарова. Проект Томишко трижды рассматривался в комитете и, несмотря на высочайшее утверждение, был подвергнут справедливой критике. Николай II согласился с мнением комитета, и разработку проекта поручили архитектору Василию
Антоновичу Косякову, построившему храм Морского ведомства во имя Милующей Божьей Матери в Галерной гавани, Морской собор в порту императора Александра III и др.
В.А. Косяков выехал в Константинополь, где сделал обмеры и зарисовки знаменитого храма Св. Софии. Весной 1901 г. один из его проектов был одобрен комитетом и утвержден Николаем II. Местом для собора еще в 1898 г. выбрали Якорную площадь.
«Как при составлении, так и при разработке и выполнении проекта Морского собора в Кронштадте имелась в виду основная мысль Комитета по сооружению собора не только удовлетворить религиозным потребностям кронштадтских моряков, но и создать собор-памятник, в котором были бы собраны имена моряков, погибших с 1696 г. при исполнении своего долга, судовые иконы и другие реликвии флота», – говорилось в Краткой записке о сооружении собора.
Остановившееся из-за событий 1905–1906 гг. строительство собора вскоре продолжили, и в 1907-м началась отделка интерьеров. С введением в строй в 1908 г. системы отопления эти работы продолжались и зимой. Необходимо назвать тех, кто активно участвовал в строительстве, помогал В.А. Косякову: академик архитектор Г.А. Косяков, инженеры А.И. Виксель, А.А. Ламагин, А.А. Алексеев, инженер профессор П.И. Дмитриев, художник архитектор Н.Л. Подберезкий, десятники А.И. Смирнов и Р.И. Князев. Роспись стен и сводов, мозаики в главном портале выполнены по оригиналам М.М. Васильева, иконы – А.В. Троицкого, наружные мозаичные и майоликовые иконы – по оригиналам Ф.Р. Райляна. Ковры жены моряков вышивали шерстью, а серебряное шитье выполнялось мастерской Е.М. Бертельсон[386].