Тюремный режим военного исправительного заведения предусматривал использование камеры только для ночного времени и сна заключенных. Весь же световой период суток арестанты работали. В дневное время камеры превращались в своеобразные производственные мастерские. Проектом предусматривалось обустройство одиночных камер площадью 25 кв. аршин каждая при «весьма достаточной» высоте. Тюремные окна располагались настолько высоко, что арестант не мог обозревать площадь тюремного двора. В каждой камере располагались койки и наглухо прикрепленный к полу табурет. В дневное время койки поднимались к стене и закрывались на замок.
На втором этаже, разделенном на 6 отсеков, обустроили 80 камер-одиночек, а третий этаж с 7 тюремными отсеками насчитывал 95 камер одиночного содержания. В тюрьме велось регулярное наблюдение за каждым узником одиночной камеры через дверные смотровые проемы. По заключению ведомственной санитарной службы, все камеры достаточно эффективно проветривались и отапливались из котельной тюрьмы через трубы в стенах и над полом одиночек. В здании тюрьмы существовала церковь Святителя Николая, действовавшая в Военно-исправительной тюрьме Морского ведоства вплоть до 1918 года.
Заключенных также привлекали к работам в мастерских. Ассортимент вырабатываемой ими продукции бывал весьма разнообразным. Они выполняли столярные, токарные работы, ткали маты, изготовляли обувь и одежду. Считалось, что Военно-исправительная тюрьма Морского ведомства в Новой Голландии являлась, по оценке Морского министерства, «учреждением, организованным на началах рациональной системы, используемой в практике мест заключения европейских государств».
Любопытно отметить, что с началом Первой мировой войны тюрьму в Новой Голландии закрыли после оригинального приказа императора Николая II, посчитавшего, что все осужденные по суду матросы должны отбывать свой срок только после победоносного завершения войны. Морское министерство тогда отдало распоряжение об отправке осужденных матросов на фронт, в действующую армию, чтобы в героических сражениях они добывали себе прощение и досрочную амнистию. Тюремное здание на некоторое время опустело, чтобы в 1915 году вновь открыть камеры для военнопленных немецких моряков и морских летчиков. В 1917 году, после Октябрьского переворота, в тюрьме размещались конторы учреждений Военно-морского порта, а затем – Ленинградской военно-морской базы. В период Великой Отечественной войны и после ее победоносного завершения в здании бывшей Круглой тюрьмы Новой Голландии располагались службы управления тыла Краснознаменного Балтийского флота, руководство которого, вероятно для солидности, установило у входа в управление двух позолоченных львов. Оказалось, что их доставили в Новую Голландию и установили у входных дверей бывшей тюрьмы по личному распоряжению начальника тыла Краснознаменного Балтийского флота генерал-лейтенанта А. Н. Лебедева. В один прекрасный день на Выборгскую сторону к знаменитой даче графа Кушелева-Безбородко подкатила военная полуторка с нарядом матросов, которые лихо отделили от знаменитой львиной шеренги двух зверей, погрузили их в кузов грузовика и доставили в Новую Голландию. Львов покрасили «золотой» краской под бронзу и «поручили им охранять» главный вход в здание тыла Ленинградской военно-морской базы. Похищенные из оригинальной львиной ограды дачи графа Кушелева-Безбородко на правом берегу Невы два чугунных льва находились у главных дверей базы тыла флота вплоть до начала 1990-х годов.