В 1840-х годах вблизи тюрьмы на набережной реки Мойки построили сохранившийся до наших дней трехэтажный дом коменданта Новой Голландии, а при слиянии Адмиралтейского и Крюкова каналов возвели новый кирпичный корпус для дополнительного склада. В 1842 году набережная засыпанной части Крюкова канала, неподалеку от Невы, постепенно стала превращаться в новую площадь Северной столицы – Благовещенскую. В этот же период российской истории Новая Голландия продолжала оставаться структурной частью Нового Адмиралтейства, о чем свидетельствуют находящиеся в архивах чертежи генеральных планов.

Следует заметить, что в процессе работы над проектами монументальных арок Новой Голландии зодчие Чевакинский и Валлен-Деламот все же предусмотрели аналогичный величественный портал и со стороны Крюкова канала. К сожалению, ни в те годы, ни позднее вторая монументальная арка со стороны протоки, соединяющей Крюков канал с внутренним бассейном острова, так и не была возведена. Корпус новой Голландии, выходящий на Крюков канал и нынешнюю площадь Труда, возвел много позже, в 1847–1849 годах, талантливый военный инженер М. А. Пасыпкин. В соответствии с «высочайше утвержденным» в 1848 году вариантом застройки Новой Голландии, в проекте Пасыпкина сохранились старые каменные «магазины» Чевакинского. Весь же архитектурный ансамбль островка теперь приобрел вид равностороннего треугольника с небольшим изломом по стороне, выходящей на Мойку. Автором проекта также намечалось строительство второй гигантской арки, у Крюкова канала, однако и на этот раз она не была построена.

К концу XIX столетия Новая Голландия утрачивает значение базы Военно-морского флота и становится по целому ряду причин неудобной для хранения и перемещения специфических военных грузов Морского министерства. Комплекс ее сооружений и зданий приходит в запустение. Очевидцы упадка некогда неприступной, похожей на крепость Новой Голландии, вошедшей в историю петровского флота своей ролью в развитии отечественной кораблестроительной науки, с горечью писали: «Значительная часть складов Новой Голландии, как мы имели случай неоднократно убедиться на месте, наполнена старым хламом вроде, например, ломаных деревянных моделей, которые вследствие их полной непригодности отказался принять Адмиралтейский завод и которые годятся только на дрова; ломаным чугуном и железом (только не медью, так как последняя давно расчищена) и тому подобными предметами. Посреди обширного двора лежат и ржавеют старые вентиляционные раструбы, цистерны и тому подобные предметы, годные только на лом…».