В 1867 году Кондаков занимался классической археологией и итальянской живописью в музеях Берлина, Мюнхена и Дрездена. В 1870 году Никодим Павлович был избран доцентом истории искусства в Одесском университете. Через три года он защитил магистерскую диссертацию на тему «Памятник Гарпий из Ксанфа в Ликии», а в 1876 году защитил докторскую диссертацию «История византийского искусства и иконографии по миниатюрам греческих рукописей». Между 1879 и 1889 годами Кондаков предпринял ряд путешествий по Востоку для обозрения христианских древностей. Был в Константинополе, Греции, Египте, на Синайском полуострове, на Афоне, в Иерусалиме.

В 1889 году объехал монастыри и древние церкви Грузии для описи важнейших памятников древности, в том числе грузинских икон, украшенных византийскими перегородчатыми эмалями. В 1888 году Никодим Павлович был избран профессором искусств в Петербургском университете и назначен старшим хранителем средневекового отделения Эрмитажа.

Через два года он был назначен, кроме того, управляющим комитета попечительства о русской иконописи. Устраивал иконописные школы с мастерскими при них в иконописных слободах Владимирской губернии. В 1892 году Кондаков был избран членом-корреспондентом Академии наук, а на следующий год – ординарным академиком. После Октябрьской революции 1917 года Кондаков уехал в Одессу, а оттуда в начале 1920 года в Болгарию.

Осенью 1921 года чешский Карлов университет предложил Никодиму Павловичу прочесть двухлетний курс по истории искусства Восточной Европы. Кондаков согласился. В конце марта 1922 года он уехал из Софии в Прагу и в мае начал читать свой курс. Это было уже после начала так называемой «русской акции», когда на средства, ассигнованные чешским правительством, в Праге собралось много профессоров и студентов и учреждена была Русская учебная коллегия. Кондаков читал свой курс в большой аудитории Карлова университета. Читал он по-русски. Его слушало и довольно много чехов, знающих русский язык. Кроме лекций, Кондаков руководил студенческим семинаром в университете. Помимо того, на дому у Кондакова образовался как бы особый семинар – privatissima. После смерти Кондакова участники этого тесного научного кружка почувствовали свою обязанность не расходиться и не прекращать своего научного и дружеского общения. То была последняя группа учеников Кондакова. Перечисляю имена в алфавитном порядке: М. А. Андреева, Н. М. Беляев, Г. В. Вернадский, А. П. Калитинский, К. М. Катков, П. Д. Кондарацкая, В. Н. Лосский, Т. Н. Родзянко, Д. А. Расовский, Н. П. Толль, княгиня Н. Г. Яшвиль.