(И вот, прошло еще шесть лет и мало что изменилось —
РАБОТЫ ПО КАПИТАЛЬНОМУ РЕМОНТУ ЗДАНИЙ ИПАТЬЕВСКОГО МОНАСТЫРЯ ЗАТЯГИВАЛИСЬ ПО ПРИЧИНЕ ОТСУТСТВИЯ НЕОБХОДИМЫХ СРЕДСТВ. В 1744 году по решению Святейшего Синода была учреждена Костромская епархия... Резиденция костромского архиерея разместилась в Ипатьевском монастыре, а Троицкий собор получил статус кафедрального собора. Таким образом, древняя обитель стала административным центром Костромской епархии, и в этих условиях речь шла уже не о починке старых зданий, А О ПОЛНОМ ПЕРЕУСТРОЙСТВЕ МОНАСТЫРЯ...
Несмотря на отдельные работы по ремонту кровли, устройству нового иконостаса (1756-1757 годы) и церкви Праведного Лазаря в подклете южной галереи (1763 год), ПРОЦЕСС ВЕТШАНИЯ СТЕНОПИСИ ПРОДОЛЖАЛСЯ. Особенно этому способствовало ПОСТОЯННОЕ ПРОТЕКАНИЕ КРОВЛИ СОБОРА И ЕГО КУПОЛОВ. Об их повреждениях упоминается в Описной книге Костромского Ипатьевского монастыря: «Пять глав опаянные по дереву жестью ВСЕ ОБВЕТШАЛИ И ЖЕСТЬ ПРОРЖАВЕЛА И ВО МНОГИХ МЕСТАХ ОПАЛА. От этих протечек образовывались «расселины, которые по объявлении знающих как при Геннадии преосвященном, так и при преосвященном Дамаскине прошлого 1766 года ЗАДЕЛАНЫ И ПОДМАЗАНЫ БЫЛИ, ОДНАКО НЫНЕ ОПЯТЬ НЕСКОЛЬКО ЗНАЧАТ».
В 1784 году монастырь начинает приобретать материалы «на починку в домовой церкви иконного настенного письма разных красок и лаку». Эта починка выразилась «в подписывании фресок на значительных участках, в особенности в барабанах и по нижнему ярусу. Записи на фресках вызывались тем, что древняя живопись к этому времени вследствие неблагоприятных условий режима хранения памятника стала испытывать утраты и шелушения красочного слоя (укреплять ее не умели), а после промывки количество утрат еще больше увеличивалось»...
Однако все предпринимаемые меры оказались недостаточными, и К НАЧАЛУ XIX ВЕКА «КАФЕДРАЛЬНЫЙ СОБОР НАХОДИЛСЯ ЕДВА ЛИ НЕ В БОЛЕЕ ЖАЛКОМ СОСТОЯНИИ. ХРАМЫ ТРЕБОВАЛИ ЗНАЧИТЕЛЬНОГО РЕМОНТА: ЖЕЛЕЗО НА КРОВЛЕ И ГЛАВАХ ТРОИЦКОГО ХРАМА И РИЗНИЧНОЙ ПАЛАТЫ ПРОРЖАВЕЛО, — ДЕРЕВЯННЫЕ ПОЛЫ В ОБОИХ СОБОРНЫХ ХРАМАХ, ДЕРЕВЯННЫЕ ГЛАВЫ И НАКАТНЫЕ ПОТОЛКИ ТЕПЛОГО ХРАМА ПРОГНИЛИ, РИЗНИЦА ОБВЕТШАЛА; собор как безприходный, состоящий вдалеке и за рекой от города, не имея ниоткуда средств к содержанию, нередко нуждался даже в приличном освещении, особенно при архиерейском служении...