В таком положении соборяне прибегли к крайнему средству для поддержки соборных храмов — сбору пожертвований». НА ПОЖЕРТВОВАНИЯ ПРИХОЖАН в 1811 и 1813 годах «полы сделаны чугунные, кровли вместо деревянных железные и все выкрашены зеленою краскою». Кроме того, из документов первой половины XIX века известно, что стенопись частично поновлялась в 1834 году, к визиту в монастырь императора Николая I, а также в 1840 году. С 1800 по 1807 год... «на Троицком храме вместо громадных глав устроили из белого железа главы меньшаго размера». В 1835 году они были уничтожены бурей, а в 1842 — восстановлены в своем древнем величественном виде.

В октябре 1834 года во время визита в Кострому император Николай I посетил Ипатьевский монастырь... После торжественного богослужения в Троицком соборе Николай I осмотрел монастырские здания, в том числе кельи Михаила Феодоровича. ИМПЕРАТОР БЫЛ НЕСКОЛЬКО УДИВЛЕН ВЕТХОСТЬЮ МНОГИХ ПОСТРОЕК. Сознавая значимость Ипатьевского монастыря для истории России, он распорядился об исправлении всех поврежденных зданий и о придании обители статуса «колыбели» царствующего Дома. В декабре 1834 года Николай I прислал в Ипатьевский монастырь из Оружейной палаты Московского Кремля деревянный посох и серебряный позолоченный ковш, принадлежавшие Михаилу Феодоровичу Романову. Работы по подготовке проекта реконструкции зданий Ипатьевского монастыря были поручены профессору архитектуры Императорской Академии художеств К.А.Тону, но Троицкого собора они почти не коснулись» [315:и3].

Далее. «В 1835 году, 16 мая, во время бывшей в г. Костроме сильной грозы, Ипатьевский монастырь, как расположенный на открытом месте, потерпел многие и большие повреждения. Так, на Троицком соборном храме сильным ураганом БЫЛИ СОРВАНЫ БОЛЬШАЯ И СЕВЕРО-ВОСТОЧНЫЕ ГЛАВЫ и чрез архиерейский корпус переброшены одна в реку Кострому, а другая — в монастырский сад. Остальные главы, хотя устояли, но все-таки были сдвинуты с своих мест, а у юго-восточной главы была разрушена даже часть каменной кладки, и массою кирпича пробита железная крыша на храме» [315:и2].

«При епископе Дамаскине Аскаронском (1758-1769) Рождество-Богородицкий храм ЗА ВЕТХОСТИЮ БЫЛ РАЗОБРАН и на месте его построен каменный того же имени...

Лет 40 спустя после постройки Богородицкого храма, деревянные главы на нем и накатные ПОТОЛКИ СГНИЛИ, ГРОЗИЛИ ПАДЕНИЕМ... По Высочайше утвержденному в мае 1859 года проэкту, Рождество-Богородицкий одноглавный ХРАМ В ТОМ ЖЕ ГОДУ БЫЛ РАЗОБРАН, и в течение последующих 1860-1864 г.г. на ассигнованные для того из казны 37 тысяч рублей построен по новому плану и фасаду новый храм того же имени» [315:и2].