Как утверждает Е. К. Лигачев, который имел прямое отношение к раскрутке «узбекского дела», инициатором его возбуждения стал руководитель Сектора среднеазиатских республик Отдела оргпартработы Виктор Ильич Смирнов, который представил своему шефу специальную записку на сей счет[1316]. Ознакомившись с этой запиской, Е. К. Лигачев довел ее содержание до самого Ю. В. Андропова, который дал ему указание встретиться с Ш. Р. Рашидовым и строго поговорить с ним по существу поднятых в записке вопросов. Во время этой встречи, которая состоялась в конце августа 1983 года, Е. К. Лигачев в грубой форме выполнил поручение генсека и сообщил главе Узбекистана о намерении создать Комиссию ЦК для проверки состояния дел в республике. Вскоре такая Комиссия, которую возглавил заместитель главы Общего отдела ЦК К. Н. Могильниченко, приступила к работе и, по выражению Е. К. Лигачева, «вскрыла в Узбекистане поистине вопиющие нарушения». Однако эта версия не подтверждается самим В. И. Смирновым и отвергается другими авторами, в частности генерал-лейтенантом КГБ Н. С. Леоновым[1317].

По информации Н. С. Леонова, инициатива возбуждения этого дела исходила не от ЦК, а от КГБ, и возникло оно еще в 1970-х годах, когда «руководитель КГБ Узбекистана» направил на имя Ю. В. Андропова «обширную докладную о невероятных безобразиях и правонарушениях, творившихся в республике с ведома и под прикрытием авторитета Рашидова». Однако тогда Ш. Р. Рашидову удалось отбить этот удар[1318]. Есть мнение, что этим «руководителем» был генерал-майор Э. Б. Нордман, возглавлявший КГБ Узбекской ССР в 1974–1978 годах, у которого якобы не сложились отношения с Ш. Р. Рашидовым. Однако это не совсем так. Дело в том, что в конце службы у него действительно возник конфликт с Ш. Р. Рашидовым, изъявившим желание иметь на посту главы КГБ «местного чекиста». Но в своих мемуарах генерал Э. Б. Нордман, не тая обиды, откровенно написал: «Шараф Рашидов был человеком высокой культуры. Непьющий. Много ездил по областям… Излишеств не допускал. Меня часто спрашивают, возглавлял ли Рашидов мафию, был ли взяточником? Я убежден, что нет. Он был весьма обеспеченным человеком за счет гонораров. Верил и верю в его чистоплотность»[1319]. На самом деле этим «руководителем» КГБ УзССР был генерал-лейтенант Л. Н. Мелкумов, сменивший Э. Б. Нордмана на данном посту в начале марта 1978 года, что позднее сам Ш. Р. Рашидов признает своей грубейшей ошибкой. Именно этот человек после смерти Л. И. Брежнева по указанию Москвы и стал готовить очередную атаку на Ш. Р. Рашидова, дав без санкции республиканского начальства отмашку приступить к оперативной разработке руководителя ОБХСС УВД Бухарского облисполкома полковника милиции А. М. Музафарова. И как только сам Ш. Р. Рашидов улетел в Кабул на празднование 5-летнего юбилея Саурской революции, 25 апреля 1983 года в Бухару из Ташкента была сразу направлена группа столичных чекистов, которая через пару дней взяла А. М. Музафарова с поличным при получении крупной взятки[1320]. А уже в июне с поста министра внутренних дел был снят генерал-лейтенант К. Э. Эргашев, и новым главой республиканского МВД стал генерал-майор Н. И. Ибрагимов.