Для реализации операции «Дунай» были созданы три группировки войск в составе 26 дивизий, из которых 18 были советскими[813]:
— Центральный фронт под командованием маршала П. К. Кошевого, костяк которого составили части и соединения 1-й гвардейской танковой, 11-й и 20-й гвардейских общевойсковых и 4-й воздушной армий во главе с генералами К. Г. Кожановым, Ю. А. Науменко, И. Л. Величко и Б. Д. Мелехиным;
— Прикарпатский фронт под началом генерал-полковника В. З. Бисярина, костяк которого составили части и соединения 13-й, 28-й и 38-й общевойсковых, 8-й гвардейской танковой и 57-й воздушной армий, которыми командовали генералы П. В. Мельников, Г. И. Салманов, А. М. Майоров, В. А. Меримский и А. Н. Ефимов;
— Южный фронт под командованием генерал-полковника К. И. Провалова, основу которого составляли части и соединения Южной группы советских войск в составе 13-й и 19-й гвардейских танковых и 93-й стрелковой дивизий и 36-я воздушная армия генерала С. И. Харламова.
Кроме того, в составе этих фронтов находились 2-я армия Войска Польского генерала Ф. Сивицкого, 8-я венгерская мотострелковая дивизия, гэдээровские 7-я танковая и 11-я мотострелковая дивизии, 12-я пограничная бригада, а также 12-й и 22-й полки 7-й болгарской мотострелковой дивизии, вошедшие вторым эшелоном.
Одновременно с войсками в Прагу «для работы среди членов Президиума ЦК КПЧ» под псевдонимом «генерал Трофимов» прибыл член Политбюро ЦК Кирилл Трофимович Мазуров, оперативный штаб которого разместился в здании советского посольства.
Не встречая никакого сопротивления, уже к исходу следующего дня войска ОВД заняли все крупные города и стратегические объекты страны. В течение нескольких дней все немногочисленные очаги оппозиционных выступлений были подавлены и ситуация в Чехословакии была нормализована. В основной своей массе чехословацкое население осталось пассивным, и вхождение войск вызывало у него куда больше любопытства, чем страха. Боевых действий, по сути, не велось, и в ходе передислокации и размещения советских войск с 21 августа по 20 октября 1968 года во время «враждебных действий отдельных граждан ЧССР» было ранено и травмировано 87 военнослужащих, а погибло всего 10 солдат и 1 офицер.
Столь быстрое и успешное проведение операции «Дунай» было обеспечено и тем, что сработал план Москвы по стратегической дезинформации стран — участниц НАТО. Командно-штабные учения «Шумава», прошедшие 20 июня — 1 июля и не приведшие к оккупации ЧССР, де-факто притупили бдительность всех натовских стратегов, и они проспали операцию «Дунай». Более того, из-за длительного характера чехословацкого кризиса, к которому уже привыкли все, в НАТО не был отменен привычный порядок отпусков, и на момент «вторжения» два высших руководителя НАТО отсутствовали в Брюсселе: генеральный секретарь Манлио Брозио находился в отпуске в родной Италии, а верховный Главком Вооруженных сил НАТО американский генерал Лайман Лемнитцер осуществлял инспекционную поездку по Греции[814].