Однако если с военной составляющей этого плана все получилось отменно, то с политической частью вышла осечка. Часть членов «промосковских» сил, в частности Э. Риго, Я. Пиллер, Ф. Барбирек и Й. Ленарт, оказались морально не готовы к смене партийно-государственного руководства страны. Они не стали голосовать за «Декларацию от имени Президиума ЦК КПЧ и Революционного правительства ЧССР» и поддержали заявление Президиума ЦК КПЧ с осуждением агрессии и необходимости созыва экстренного съезда партии, который вскоре открылся в Высочанах. В этой ситуации другая часть «промосковских» сил, то есть Д. Кольдер, В. Биляк, М. Якеш, А. Индра, О. Швестка и А. Павловский, направилась в советское посольство, где по прямому указанию Москвы К. Т. Мазуров попытался по-быстрому слепить Революционное правительство ЧССР во главе с новым Первым секретарем Драгомиром Кольдером. Однако тот отказался возглавить ЦК КПЧ.

Тем временем в 10 часов утра сотрудники КГБ задержали в здании ЦК всех остальных членов чехословацкого руководства, которые на следующий день были привезены в Москву. Туда же вскоре отправились президент Л. Свобода и вице-премьер Г. Гусак. Именно здесь, в советской столице, 24 августа начались очень непростые переговоры со всей чехословацкой делегацией, которые длились три дня. Первоначально руководство КПЧ не было склонно ни к каким уступкам, но затем ситуация стала меняться.

Между тем 25 августа состоялось заседание Политбюро ЦК, где обсуждали несколько возможных вариантов выхода из сложившегося положения. В итоге было предложено три таких варианта[815]. Первый вариант предусматривал создание Революционного правительства во главе с президентом Л. Свободой, заместителем которого могли бы стать либо О. Черник, либо Г. Гусак, который, по выражению А. Н. Косыгина, «очень хорошо и спокойно ведёт себя». Второй вариант предполагал создание правительства во главе с О. Черником или Г. Гусаком при одновременном избрании О. Черника Первым секретарем ЦК КПЧ. И, наконец, третий вариант, который и был предложен на переговорах с А. Дубчеком, предусматривал сохранение прежнего высшего руководства и возвращение его к тем обязательствам, которые Президиум ЦК КПЧ взял на себя в Чиерне-над-Тисой. После долгих дебатов именно этот вариант действий, поддержанный Л. И. Брежневым, и был признан самым предпочтительным.

В конце концов А. Дубчека, О. Черника, Й. Смрковского, Л. Свободу и других (за исключением Ф. Кригеля), уже не знавших реальной обстановки в собственной стране и озабоченных своей собственной судьбой, удалось уговорить на третий день, то есть 26 августа, подписать «Московский протокол», где в обмен на признание советской стороной всех решений январского Пленума ЦК КПЧ и сохранения власти в руках старого руководства, предусматривался поэтапный вывод союзных войск, который ставился в прямую зависимость от степени нормализации обстановки в стране.