Это великокняжеское посещение факт уже совсем исторический, но большего Богородицкого монастыря все-таки еще нет, а возникает в пустыне, по воле великокняжеской, малый монастырь Николаевский Беседный, вероятно, не задолго предшествовавший большому Тихвинскому Богородицкому, и только 177 лет спустя после явления иконы, при посещении церкви в 1547 году царем Иоанном Васильевичем, он, видя, что икона управляется мирским священством и что вокруг церкви расположено множество селений, повелевает основать мужскую обитель.

Несходны с судьбами других монастырей, даже совсем противоположны им, первые годы, следовавшие за царским повелением. Тогда как в Соловках, в Кириллове, в Киеве, на Валааме пустынножительство устраивалось подле первоучителя, подле его келийки, и основания устава монастырского преподавались и завещались им, здесь, — в Тихвине, возникло монастырское братство подле богатого каменного храма, известного уже на всю Россию, и дело постройки зданий, составление устава и обычаев монастырских поручено царем целой группе архимандритов и игумнов других обителей, нарочно собранных для этого и поставленных под главенство архиепископа новгородского Пимена. Если в других обителях от малого начала, от одной келийки плодились другие, шло распространение не вдруг, а общежитие, трапеза и стены являлись только после векового существования, здесь сооружено сразу 44 кельи, поставлена обширная трапезная, прорыта канава, воздвигнуты стены, а деревянные церкви заменены каменными. При возникновении других обителей, подле них, и опять-таки мало-помалу, возникали поселки, деревушки, обращавшиеся иногда, со временем, в города, — в Тихвине наоборот: ко времени устройства монастыря, на месте этом расположено было множество селений, и для освобождения места существовавший старый посад отнесен версты за три в сторону. Характерной особенностью является, наконец, и то, что царское повеление, последовавшее в 1547 году, воплотилось только 11 февраля 1560 года, с назначением, вслед за окончанием работ и по составлении устава, первым игумном Кирилла.

Не прошло и полувека со времени возникновения обители, иноки которой сошлись к ней из разных других монастырей и, следовательно, как и устав монастырский, не возникли на месте, а были собраны с разных мест, — как уже пришлось им постоять за себя, за святыню, за отечество и показать, что в этом они то же, что остальные их собратья. Наступило лихолетье. Самозванец «виста бо паки ин некий зверь, нарицая себя царевичем Дмитрием Углицким», появились другие самозванцы, а за спинами их всякие люди, «польстии и литовстии»; призванные нами на помощь шведы, предводимые де-ла-Гарди, вместо защиты, «взяли на копье» всю великую область новгородскую и вместе с ней и Тихвинскую обитель.