Удрученная до глубины душевной, занятая врагами, страна тихвинская и её монастырь не переставали молиться за судьбы раздираемой междоусобицей родины, как вдруг к ним, к плененным и окруженным кольцом войск неприятельских, доходит весть о воцарении царя Михаила и о том, что ко Пскову двигаются за рекой Устью воеводы царские, и что надо послать просить их принять обитель и вручить ее царю православному. Предстояла двойная трудность: сговориться людям тихвинской стороны с людьми в обители, а затем, приняв общее решение, оповестить сквозь ряды приятельские дружины наши, шедшие на Псков под начальством князя Симеона Прозоровского. И то, и другое исполнили Воейков и Арцыбашев и возвратились в обитель. Скоро увидели со стен монастырских приближение русского воинства; произошла стычка на Усть-реке, и шведы разбиты; игумен Онуфрий и сидевший в занятой шведами обители воевода Трусов порешили кончить со шведами и внутри обители, ударили на них и перебили.

Извещенный о двойном поражении, де-ла-Гарди, стоявший в ста верстах от Тихвина, двинулся к нему; 13 июня 1613 года вырезал он в посаде Тихвинском всех, не успевших скрыться за стенами обители, и тогда начался длинный ряд усилий шведских одолеть единственный русский оплот, оставшийся или, лучше сказать, вышедший из-под их власти в стране новгородской. Летопись подробно сообщает о всех судьбах упорной борьбы: нашелся в обители изменник Гаврилко, родом из Смоленска, явились в ней раздоры, и все это под грохот «огненного стреляния из великих бранных сосуд». Пока в осажденной обители пришли к решению оповестить царя и просить о присылке помощи и к нему отправлены послы, царь уже знал о судьбах Тихвина и направил к ному от себя рать под начальством Сумбулова. Монастырские послы встретили ее, но неосторожность воеводы и измена переяславца Федора были причиной поражения этой рати, и осада обители возобновилась с большей против прежней ожесточенностью; игумен Онуфрий взят в полон.

Красноречиво описание летописца о том, что происходило в обители в это время; как в значительном сборище всех возрастов и полов, в виду ярости осаждавших, возникло «самонадеяние и нечистоты греховные», и как Пречистая Дева, явившись старцу Мартиниану, пришедшему сюда из Соловок, повелела изгнать «развратников и скверноделателей», что и исполнено. Одновременно с этим работали шведы в подкопах, против которых наши повели подземные «слухи»; опять имела место измена: бежали казак Тяпка и помещик Пересветов из пределов ростовских и оповестили шведов об оскудении и неурядицах в обители. Тогда решен был приступ. Понесли шведы лестницы и огонь для поджога, но вышедшие на стены крепостные, стар и млад, лили на них кипящую воду, смолу, кидали бревна, а 14 сентября 1614 года, после вторичного явления двум старцам, Богородица совершила чудо: показалось шведам, что идут от Москвы несметные русские полчища., и они, «возмятошася, всколебашися и яшася бегства, со студом, друг друга со зади биюще». Во след бегущим вышли защитники из крепости и гнали шведов «секуще аки стеблие».