Отстроенный монастырь еще раз сгорел в 1754 году; на месте сгоревших поставлены, опять-таки деревянные, церкви, здания и стена, о которых в 1785 году тогдашний путешественник академик Озерецковский свидетельствует, что хотя местоположение монастыря красиво и, можно сказать, величественно, но монастырское строение нимало ему не соответствует, так как оно обветшало. В том же году утвержден общий план построек каменных, составленный строителем Назарием, впоследствии игуменом, вызванным из Саровской пустыни по настоятельному требованию митрополита Гавриила, писавшего о нем в Саровскую пустынь: «у меня много своих умников, пришлите мне вашего глупца». Митрополит не ошибся в этом «глупце», и с 1811 года обитель стояла готовой вся в новом каменном одеянии. Следует упомянуть, что император Павел I особенно щедро одарил ее в 1797 году доходными статьями рыбных ловлей и покосов и мельницей, составляющими и теперь существенный доход монастыря. За время управления игумена Назария удален был с острова в город Сердоболь последний след светской жизни — ярмарка, бывшая на Валааме много лет, и весь он отдался исключительно духовной жизни и подвижничеству.

Из ближайшего былого Валаамской обители следует упомянуть о том, что когда на Алеутских островах образовалась русская торговая компания, то в духовную миссию, согласно постановлению синода, поручено отцу Назарию послать своих валаамских монахов. В 1794 году, по повелению Екатерины II, миссия действительно отправилась и находилась в пути девять месяцев; иеромонах Ювеналий погиб на полуострове Аляске мученической смертью, но на острове Кадьяке дело пошло лучше и совершились многие обращения. В 1796 году Екатерина II повелела синоду посвятить начальника алеутской миссии, архимандрита Иоасафа, во епископа кадьякского, с титулом викария иркутской епархии; хиротописанный в Иркутск, Иоасаф на обратном пути сел в Охотске на компанейский корабль «Феникс» и погиб с ним вместе без вести в 1799 году. В 1804 году путешественник, иеромонах Александро-Невской лавры Гедеон, застал на Кадьяке четырех валаамских братий; покойный митрополит московский Иннокентий подвизался на Алеутских островах с 1823 года; еще жив епископ Иоанн, бывший алеутский, и миссия, по словам его, продолжающаяся и теперь — «одна из цветущих в ряду всех прочих наших миссий». Другие события на Валааме имели место позднее. В 1819 году игуменом Иннокентием получено от министра духовных дел, князя Голицына, уведомление, что на Валаам прибудет император Александр I. В непогоду 10 августа, государь на монастырском судне прибыл из Сольны, после трех часов пути, поздно вечером. Уже в два часа пополуночи император стоял у заутрени и, пробыв в монастыре более суток, находился решительно на всех службах церковных, днем и ночью. Государем обойдена вся обитель, и посещены отшельники. По пути из монастыря в Сердоболь, государь пожелал, чтобы монахи, его сопровождавшие, пели духовные песни, что и было исполнено. По возвращении в Петербург, он повелел князю Голицыну, в знак особого своего расположения, учредить на Валааме архимандрию, о чем говорил еще в самой обители, но, снизойдя на просьбу монахов, соизволил: «архимандрии в обители не уставлять, а быть игуменству, как более приличествующему для общежития уединенного монастыря». взамен этого, тогда же, в 1822 году, обитель сделана «первоклассною» и постановлено, чтобы игумены её впредь были избираемы только из братий Валаамского монастыря.