Этот вторичный расцвет обители продолжался недолго: в 1611 году шведы снова предали мечу и огню все, созданное дружными усилиями светской власти и монашества, казнили игумена Макария и многих из братии; остров опустел, обезлюдел, и на месте прежней обители воздвигли свои постройки шведы. Тогда началось долговременное странствование оставшейся без обители валаамской братии. Большинство их, по указу царскому, тогда же удалилось в Новую Ладогу и поместилось в несуществующем уже монастыре св. Николая; оттуда шведы, так сказать, нагнав и перебив многих из братии, принудили остальных бежать дальше к обители Тихвинской, где предстояло братьям испытать осаду польскую. Бездомные валаамцы временно поселились в монастыре Антониевом Дымском, а потом в не хотевшем принять их, в виду «утеснения», Ладожском, Васильевском, у Старой Ладоги, и совершенно преобразили последний, отстроив его заново. Спасены были также многие иконы, ризы и другие вещи, увезенные иноками и стоящие теперь снова на своих местах.

Столбовский мир 1617 года, заключенный в той скромной деревеньке, которую путники посетили три дня тому назад, более чем на сто лет оставил Валаам совершенно опустевшим в руках шведов; иноков не имелось на нем вовсе, и все, что успели они насадить православия по берегам Ладожского озера, у Сердоболя и Кексгольма, — все это погибло тогда и заменено лютеранством. Казалось, что сделано было решительно все, чтобы стереть с лица земли даже воспоминание о Валааме. Не ушли только со своих мест два святых угодника, безмолвно почивавшие в глубоких камнях острова, и над ними теплилось воспоминание и горела мысль, от которых и началось новое бытие. Было такое время, что от тихвинского архимандрита Макария поступила к царям Иоанну и Петру Алексеевичам челобитная о перенесении этих мощей в Тихвин, для спасения их от «проклятых люторов». Совершись это, и о Валааме не осталось бы, вероятно, и помину.

В 1715 году, вследствие ходатайства архимандрита Кирилло-Белозерского монастыря, Иринарха, переданного царю через Меншикова, повелено приступить к постройке Валаамской обители заново. Царь, посещая олонецкий край, вероятно, бывал неоднократно на пустом Валааме и знал его былое. В 1717 году на одиннадцати лошадях присланы из Кириллова монастыря церковная утварь, припасы и строительные орудия. Во внимание к развившемуся за это время, с 1611 по 1620 год, расколу, сделано особое распоряжение о том, чтобы чин монастырский исполнялся по «новоисправленному Требнику». В начале возобновления Валаам приписан к Кирилло-Белозерскому монастырю, но с 1720 года получил самостоятельное существование.