В безмолвной толще красно-серого гранита главного острова, в глубочайшей могиле, иссеченной в скале, накрытой в настоящую минуту временным деревянным кенотафом, почивают мощи обоих угодников монастырских, св. Сергия и Германа, пришедших туда «из восточных сторон» и основавших монастырское «общежительство». Положены они в эту недосягаемую темную глубь в 1180 году, с той целью, чтобы дерзкая рука шведов или финляндцев никогда не смела оскорбить святыни, даже владея островом. Это переложение св. мощей совершилось тогда в четвертый и в последний раз: до того шведские набеги и желание уберечь мощи побуждали иноков к многократному перенесению их в Новгород, древнее общение с которым Валаама несомненно.

Не совсем ясное начало монастыря и первые проблески его бытия, так сказать, доисторическое существование его кончаются с X веком. В письмах профессора русской истории Александровского университета, в Гельсингфорсе, Соловьева, писанных в 1839 и 1840 годах к тогдашнему игумену Дамаскину, есть сведения о том, что в различных архивах Швеции существует много документов, касающихся Валаама, и что сведения эти должны пролить совершенно новый свет на это темное, известное только урывками, время его существования. Многое, как объясняет г. Нил Попов, сделано было этим Соловьевым в шведских архивах; найдены, между прочим, сочинения дьяка Григория Котошихина; отысканы и другие документы, переданные в археографическую комиссию и, отчасти, напечатанные, — но старейших дней Валаама они все-таки не объясняют. Остаются ли еще документы? Верно и то, что искать этих документов надо не в самом монастыре.

С 960 по 1715 год, то есть до времени возобновления обители Петром I, судьбы её были крайне переменчивы. Первое разорение потерпела она от шведов в XI веке; в XIII, XIV и XV видим мы ее, как это сказано в житии св. Александра Свирского, цветущею, с каменными зданиями, хорошими кельями, гостиницей и под верховным владычеством русских царей, которые неоднократно, как-то: Василий Иоаннович, Иоанн IV, Федор Иоаннович, холили и дарили ее. С XVI века вновь начинаются шведские нападения; в 1578 году перебиты и замучены многие монахи и послушники; немного позже моровое поветрие окончательно обезлюдило кельи, а шведы сожгли и уничтожили решительно все до основания, так что инокам пришлось укрыться на материке в Антониевом Дымском монастыре. В 1597 году, по донесению боярина Бориса Федоровича Годунова, царь Федор Иоаннович возобновил обитель из своей царской казны, жаловал ей разные угодья, сохранил за ней временно вотчины Дымского монастыря, а игумену валаамскому предоставил оставить в Дымском монастыре только немногих.