На Пиренейском полуострове духовно-рыцарские ордена продолжали войну с маврами, но уже подчиняясь непосредственно местным монархам. В Кастилии ордена Сантьяго, Алькантары и Калатравы отвоевывали и защищали земли от нападения мусульман. Орден Алькантары к тому же охранял границу с Португалией в районе Эстремадуры. Все испанские ордена участвовали в знаменитой битве у реки Сальдо в 1340 году, в результате которой испанцы заняли стратегически важную крепость Альгасир. За последующие полтора столетия Реконкиста ограничивалась периодическими рейдами по территории последних владений мавров в Гранаде. И наконец в 1492 году объединенные испанские силы окончательно вытеснили мусульман с Пиренейского полуострова.

После этого испанские рыцарские ордена еще долгое время сохраняли свое влияние и богатство. Госпитальеры являлись самыми крупными землевладельцами в Арагоне, а в Кастилии ордену Алькантары принадлежала половина всех земель в провинции Эстремадура. Постепенно руководство орденов все больше втягивалось в местные политические интриги. Короли и знать упорно старались протолкнуть на магистерские должности своих сыновей — законных и незаконных. В период между 1487 и 1499 годами все кастильские ордена перешли под королевский контроль, а орден Монтесы был присоединен к арагонской короне в 1587 году.

В Португалии орден тамплиеров, с папского разрешения, целиком перешел во вновь созданный королем Дионисием орден Христа. Здесь рыцари также находились под контролем португальских монархов, которые могли назначать на должность магистра своих сыновей или придворных фаворитов. Принц Генрих Мореплаватель, сын Жуана I, взошедший на трон в 1418 году, воспользовался богатствами ордена для организации многочисленных морских экспедиций, в том числе вдоль побережья Африки до мыса Доброй Надежды и далее — до Индии и Китая. В XVI веке полный контроль над орденами перешел к королям, а поскольку в новых папских указах заметно смягчались требования к умеренности во всем, целомудрию и послушанию рыцарей-монахов, то членство в ордене стало просто делом чести и престижа.

Единственным орденом, который по-прежнему активно участвовал в священной войне против мусульман, оставались госпитальеры. В период магистерства Фулько де Вилларе и процесса над тамплиерами они хранили молчание — отчасти из страха навлечь на себя гнев Филиппа Красивого, а отчасти из-за надежды поживиться наследством храмовников. Как же им удалось выжить? Если Гильом Ногаре и вправду происходил из семьи катаров, то, вероятно, он питал к госпитальерам симпатию как к защитникам еретиков во время Альбигойского крестового похода. Тем более что мало кто верил, будто святотатство, ересь и содомия — грехи, присущие исключительно ордену тамплиеров и не свойственные другим монашеским братствам. Однако в отличие от тамплиеров у госпитальеров на службе состояло немало квалифицированных адвокатов, а их резиденция на Родосе находилась вне досягаемости властей. Кроме того, их готовность взять на себя роль лидеров в крестоносной экспедиции отвечала интересам как короля Филиппа IV, так и папы Климента V.