Несмотря на постоянные размолвки между тамплиерами и иоаннитами, отсутствуют свидетельства, что госпитальеры злорадствовали, наблюдая расправу над рыцарями-храмовниками. Различия между орденами всегда были незначительны, и орден Госпиталя относился к храмовникам с уважением. То, что они унаследовали часть собственности тамплиеров, заметно укрепило их престиж, и не столько из-за солидной стоимости этого наследства, сколько потому, что им предстояло продолжить благородное дело своих коллег. Вкупе с их прежними владениями новые земельные приобретения — несмотря на «урезания», сделанные жадными руками Филиппа Красивого и других европейских монархов, — заметно подняли общественный вес ордена, однако, как и предсказывал Жак де Моле, отсутствие конкуренции привело его к постепенному упадку и саморазрушению. В 1343 году папа Климент VI сетовал, что, «по единодушному мнению духовенства и мирян», госпитальеры ничего не делают для реальной защиты христианской веры, и даже предложил создать новый орден, передав ему часть их собственности.

В 1522 году базу госпитальеров на острове Родос захватили турки-оттоманы, и взамен император Карл V в 1530 году предложил им переселиться на Мальту. В 1565 году их столицу, город Валлетту, снова осадили турки, но в результате героической обороны под руководством Великого магистра Жана де Паризо Ла Валлетта госпитальерам удалось удержать крепость, потеряв убитыми двести пятьдесят рыцарей из полуторатысячного гарнизона, и после пятимесячной осады турки отступили. А шесть лет спустя корабли госпитальеров приняли участие в битве у мыса Лепанто, где оттоманский флот был разгромлен.

В XVII веке госпитальеры, к тому времени более известные как мальтийские рыцари, создали мощный флот, который успешно отбивал атаки мусульман с моря и совершал прибыльные набеги на принадлежавшие туркам североафриканские порты. Гребцами на галерах, как правило, были рабы, а капитанами — молодые аристократы из стран, где имелись орденские владения; впоследствии эти капитаны — после выхода на пенсию — становились управляющими многочисленных европейских командорств. Членство в ордене служило удобной синекурой для выходцев из дворянских семей, обеспечивая им безбедное существование. Жизнь в мальтийской столице Валлетте, по словам историка Родерика Кавальеро, была весьма однообразной: «Скука — именно таким словом можно охарактеризовать жизнь на острове. Общая атмосфера, царившая среди городской верхушки, характеризовалась бездушной чопорностью наряду с мелочной и суетливой заботой о дисциплине и соблюдением субординации».