В конце XVIII века разложение ордена госпитальеров достигло критической точки, и ранее неприступная крепость была взята Наполеоном Бонапартом практически без сопротивления, за один день. Из трехсот двадцати двух рыцарей, составлявших городской гарнизон, пятьдесят были слишком стары, чтобы взять в руки оружие. Как впоследствии прокомментировал Наполеон, «хотя номинально крепость обладала всем необходимым для защиты, но моральный дух полностью отсутствовал». К тому времени, когда французский император потерпел окончательное поражение под Ватерлоо, Мальта была оккупирована британцами, которые вовсе не собирались возвращать остров оставшимся там госпитальерам. После отставки Великого магистра Фердинанда ди Гомпеша, не сумевшего защитить свои владения, на место Великого магистра рыцари святого Иоанна неожиданно избрали российского императора Павла I, надеясь на его покровительство, — тот, по словам Джонатана Райли-Смита, «не был ни католиком, ни целибатом, ни членом братства, а был просто сумасшедшим».

За этим последовал период, который специалисты назвали «самым печальным двадцатилетием за всю историю ордена, которое было заполнено мелкими эгоистичными склоками, что приводило к постоянным скандалам». Однако позднее, уже в XIX веке, орден вернулся к той благотворительной миссии, ради которой когда-то и создавался, — бескорыстной помощи больным, бедным и немощным. В таком виде он дожил до наших дней.

Сегодня мальтийские рыцари были бы просто вынуждены отказаться от своих военных функций, поскольку католическая церковь официально отринула идею крестовых походов: на втором Ватиканском соборе было открыто заявлено об уважении к еретикам и неверным. Подобное заявление весьма бы озадачило святого Бернарда Клервоского. Тем не менее нельзя однозначно сказать, что официальный призыв к религиозной терпимости окончательно положил конец вражде христиан с мусульманами. Да, мечети теперь высятся в самом центре Европы, бывшем сердце католицизма — Париже, Лондоне и даже в Риме. Однако у мусульман инициатива европейцев не нашла поддержки — отправление христианских обрядов остается под запретом в Аравии, сердце ислама. Во многих странах, например, в Иране, Афганистане и Пакистане, вся жизнь до сих пор строится соответственно жестким правилам ислама. Вооруженные конфликты между христианами и мусульманами не прекращаются в Африке, на Балканах, в Индонезии и на Филиппинах. Только за последние годы исламские фундаменталисты убили немало христианских миссионеров в Пакистане, коптских монахов — в Египте и католического епископа — в Алжире.