2 сентября 1793 года преподобный Серафим был рукоположен в сан иеромонаха. Поставление совершил епископ Тамбовский Феофил. Преподобному было тогда тридцать четыре года. В течение еще года с небольшим он продолжал ежедневно совершать службу в церкви.

Еще в годы послушничества преподобный проявил тягу к уединению и безмолвию. В Саровской обители некоторые старцы, по благословению настоятеля, селились вне монастырской ограды и вели полностью уединенную жизнь. (Среди них были знаменитый игумен и возобновитель Валаамского монастыря саровский постриженик Назарий, иеромонах Досифей и прославившийся своими подвигами схимонах Марк, долгое время бывший молчальником.) Подражая им, преподобный также, по благословению старца Иосифа, удалялся в лесную чащу для молитвенного безмолвия. Он построил в лесу небольшую келью-избушку и проводил в ней немалое время. Получив священнический сан, Серафим решил добровольно удалиться в пустынь. Это случилось уже после кончины его первого настоятеля, старца Пахомия, который перед смертью (случившейся 6 ноября 1794 года) благословил своего ученика на сей подвиг. Взяв благословение у нового настоятеля Саровской обители старца Исайи, Серафим оставил обитель 20 ноября 1794 года, спустя ровно шестнадцать лет после своего прихода сюда.

В соответствии с тогдашними законами Российской империи, ему был выписан специальный билет для беспрепятственного проживания в уединенной келье, подписанный старцем Исайей. «Объявитель сего, — говорилось в билете, — Саровской пустыни иеромонах Серафим, уволен для пребывания в пустыне, в своей даче (келье. — Авт.), по неспособности его в обществе, за болезнию, и по усердию и после многолетняго искушения в той обители и в пустыне, уволен единственно для спокойствия духа, Бога ради, и с данным ему правилом, согласно святых отец положениям, и впредь ему никому не препятствовать пребывание иметь в одном месте». Непосредственной причиной переселения подвижника из обители стала болезнь ног: от постоянного служения в церкви, непрерывного стояния в течение многих лет на ногах, не только днем, но и ночью, преподобный впал в недуг; ноги его распухли, на них открылись язвы, так что он на некоторое время лишился возможности священнодействовать.

Келья, в которой поселился преподобный, находилась в густом сосновом лесу, на берегу речки Саровки, на высоком холме, верстах в 5–6 от монастыря. Она представляла собой небольшую избушку из одной комнатки с печкой и сеней. Возле кельи преподобный устроил небольшой огород, а потом и пчельник. Позднее эта келья получила название «Дальняя пустынька».