Преподобный старался ни минуты не проводить в праздности, но постоянной работой предохранял себя от скуки, которую считал одним из опаснейших искушений. «Болезнь сия врачуется, — говорил он впоследствии, основываясь на собственном опыте, — молитвою, воздержанием от празднословия, посильным рукоделием, чтением слова Божия и терпением, потому что и рождается она от малодушия, беспечности и празднословия».

В 1780 году Прохор тяжело заболел: все тело его распухло, и он претерпевал жестокие боли; полагали, что у него водянка. Болезнь длилась три года, полтора года Прохор неподвижно лежал в постели, не имея возможности двинуть рукой или ногой. Врача не было, и болезнь не поддавалась лечению. Братия, которые сильно полюбили юношу, всеми силами старались помочь ему; старец Иосиф лично прислуживал ему, настоятель обители старец Пахомий также все время навещал больного. Наконец, настоятель решительно предложил Прохору позвать врача. Тот отказался, возложив все упование на Бога. По его просьбе старец Иосиф отслужил всенощное бдение и литургию о здравии юноши, на богослужении присутствовали все иноки обители. Затем Прохор исповедовался и причастился на своем одре Святых Таин. И вот, в момент самого причащения, ему явилась в видении Пресвятая Божия Матерь в сопровождении апостолов Иоанна Богослова и Петра. Обращаясь к Иоанну Богослову, Пречистая сказала, указывая перстом на Прохора: «Сей — нашего рода». Потом она возложила правую руку ему на голову, и тотчас в правом боку его открылась рана, из которой стала вытекать жидкость, причинявшая святому такие страдания. В скором времени он окончательно исцелился, и только следы раны всегда оставались на его теле как явственное напоминание сего дивного исцеления. Об этом чудесном видении старец Серафим впоследствии не раз рассказывал своим ученикам.

Спустя несколько лет на месте дивного явления Пречистой Божией Матери (то есть на месте кельи Прохора) была сооружена двухэтажная церковь с двумя престолами и при ней больница. По поручению настоятеля Прохор сам собирал пожертвования на ее строительство, причем побывал и на своей родине в Курске. Он уже не застал в живых мать; брат же его, Алексей, оказал щедрую помощь в деле строительства храма. Сам Прохор соорудил своими руками в нижней больничной церкви престол из кипарисового дерева. Престол этот был освящен 17 августа 1786 года (накануне пострижения Прохора) в честь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. До конца своих дней преподобный Серафим причащался Святых Таин преимущественно в этом больничном храме.