В течение восьми дней старец нестерпимо страдал и лежал еле живой, не принимая никакой пищи. Отчаявшись за его жизнь, послали за врачами. Те освидетельствовали больного: оказалось, что у него проломлена голова, сломаны ребра, грудь, на теле множество смертельных ран. Братия собрались в его келье, послали за игуменом. В это время преподобный уснул. И вот, в сонном видении, ему вновь, как и много лет назад, явилась Пресвятая Богородица. Она была в царской порфире, следом шествовали апостолы Петр и Иоанн Богослов. Остановившись у постели больного, Пречистая указала на него перстом правой руки и, оборотясь к врачам, произнесла: «Что вы трудитесь?» Затем обратила лицо Свое к старцу Серафиму и повторила те слова, которые произносила уже однажды: «Сей — нашего рода».

Когда настоятель пришел в келью, Серафим уже очнулся. Он отказался от всякой врачебной помощи и твердо заявил, что возлагает упование на Бога и Божию Матерь. С того времени постепенно к нему стали возвращаться силы.

Около пяти месяцев провел преподобный в монастыре. Облик его после болезни сильно изменился: волосы побелели, а спина согнулась так, что до конца своих дней он мог ходить, лишь опираясь на клюку или на топорик. Но дух старца Серафима не был сломлен. Почувствовав, что силы возвращаются к нему и он снова готов к подвигу, преподобный объявил о своем решении вернуться к пустыннической жизни. Старец Исайя и прочие братия пытались уговорить его остаться в монастыре, но преподобный был непреклонен. (Вскоре разбойники, избившие старца, были найдены. Серафим просил настоятеля обители и помещика не наказывать их, объявив, что в противном случае покинет Саровскую обитель. Злодеев простили, но Бог покарал их: вскоре их дома сгорели от сильного пожара. Разбойники совершенно раскаялись, просили у старца Серафима прощение и, как свидетельствует Житие святого, встали на путь добродетельной жизни.)

В 1806 году настоятель Саровской обители, старец Исайя, по болезни и старости лет удалился от дел. Братия избрали на его место Серафима, однако преподобный отказался от этого назначения. Настоятелем был избран отец Нифонт. Исайя прожил в монастыре еще год. Из-за немощи он не мог сам ходить в пустынь к Серафиму, и братия, по его просьбе, возила его туда на тележке. Смерть старца Исайи (декабрь 1807 года) произвела сильное впечатление на преподобного. Это был последний из близких ему людей. До конца жизни Серафим с особым усердием молился о упокоении душ блаженных Пахомия, Иосифа и Исайи и завещал поминать их в молитвах своим ученикам.