В годы старчества отца Амвросия настоятелем Оптиной пустыни был отец Исаакий. Преподобного Амвросия он всегда почитал как своего старца. Однако более высокое духовное начальство относилось к великому старцу (как и к старчеству вообще) с некоторой настороженностью и даже неприязнью. До калужского архиепископа Виталия доходили разного рода слухи и наветы, в которых и оптинский настоятель, и великий оптинский старец обвинялись, в частности, в явном предпочтении, оказываемом ими скиту в ущерб собственно монастыря. В конце жизни старца Амвросия неблаговоление начальства усилилось. В частности, это касалось отношения великого старца к основанной им Шамординской женской обители.

Как и все другие великие русские святые, старец Амвросий отличался широкой благотворительностью. Его почитатели и духовные дети жертвовали в его пользу и пользу обители значительные суммы денег. Все они шли либо на монастырское строительство, либо в качестве милостыни нищим, больным, сиротам и вдовам. Главным образом, старец подавал милостыню через своих келейников.

В последние годы жизни старца его стараниями и по его благословению в 12 верстах от Оптиной пустыни, у деревни Шамординой была устроена женская Казанская пустынь. История ее возникновения такова. Усадьба Шамордино в 1871 году была куплена вдовой богатого помещика, послушницей старца Амвросия Ключаревой (в иночестве Амвросией). На ее попечении находились две внучки-близняшки, Вера и Любовь, оставшиеся без матери; Шамординская усадьба и была предназначена для них. По совету старца мать Амвросия прикупила к Шамординской усадьбе еще три дачи. Старец Амвросий также посещал усадьбу Ключаревой и не раз говорил: «У нас здесь будет монастырь». Вместе с девочками в усадьбе поселились и некоторые бывшие крепостные их бабушки, которые жили совсем по-монашески. Девочки были крестницами преподобного Амвросия и с детства отличались исключительной набожностью.

Матерью Амвросией было сделано такое распоряжение: в случае смерти внучек в Шамординской усадьбе должна быть устроена женская обитель. 13 марта 1881 года мать Амвросия скончалась. Девочки остались жить в Шамордино в окружении своих нянек и сестер-послушниц. Так прошел год. Сестры стремились к монашеской жизни, однако отец их вовсе не одобрял такого их образа жизни и решил вывезти их в Орел, в пансион. 31 марта 1882 года обе девочки заболели дифтеритом. Спасти их не удалось: 4 июня скончалась Вера, а за ней последовала Любовь. Им было по двенадцати лет.

Так, во исполнение воли матери Амвросии, было положено устройство Шамординской женской обители. Духовным наставником шамординских сестер стал старец Амвросий. (Впрочем, из-за увеличивавшегося числа сестер старец не мог быть духовником каждой. Поэтому он передал многих из них духовничеству преподобного Анатолия (Зерцалова), который, также как и сам старец Амвросий, относился к ним с самой заботливой отеческой любовью.)