«Шамординская обитель, — пишет автор Жития великого оптинского старца, — прежде всего удовлетворяла ту горячую жажду милосердия к страждущим, которою всегда полон был преп. Амвросий». Сюда в Шамордино он направлял и оставшихся без всяких средств к существованию вдов, и недужных, и сирот. Из беспризорных девочек составился обширный Шамординский детский приют. Бывая в Шамордино, старец любил приходить в этот приют. Когда дети начинали петь, «переполненное любовью сердце старца трепетало, и слезы ручьем текли по бледным, впалым щекам его».

Благотворительная деятельность обители все более расширялась. Продолжалось и строительство. В Шамордино были построены огромный многоглавый храм, трапезная. К 90-м годам XIX века число сестер в обители достигло пятисот человек.

Случилось так, что именно в Шамордино старцу Амвросию суждено было встретить свой смертный час. В 1890 году он по обыкновению выехал туда на лето. В конце лета старец трижды пытался вернуться в Оптину, но из-за нездоровья вынужден был остаться в Шамордино. Поняв это как указание свыше, он уже не предпринимал попыток покинуть обитель и остался в ней на зиму.

Пребывание старца в Шамордино было сопряжено со многими трудностями. «Матери и сестры, я у вас здесь на кресте», — говорил он монахиням. Ни днем, ни ночью старец не имел покоя — отчасти из-за неудобства помещения, которое он занимал (до самой его кончины оно все устраивалось и подготавливалось), отчасти из-за множества дел, которыми ему приходилось заниматься, и множество народа, посещавшего его. К тому же епархиальное начальство всячески негодовало на старца за то, что он слишком долго пребывает в Шамординской обители. Его неоднократно призывали вернуться в Оптину, но старец по нездоровью не мог этого сделать.

Он предчувствовал свою близкую кончину. 1 января 1891 года, утром, после обедни, старец Амвросий вышел из своей кельи особенно задумчивым, серьезным. Сев на диван, он вдруг начал читать сестрам стихотворение: «Лебедь на брегах Меандра песнь последнюю поет». А мы, — шутливо заметил он, — могли бы переделать так: «Лебедь на брегах Шамандра песнь последнюю поет», и объяснил, что лебедь поет только одну песнь — перед своей кончиной.

21 сентября 1891 года старец занемог. У него сильно болели уши. 23 сентября он еще принимал народ, хотя плохо слышал и еле мог говорить. Ухаживавшей за ним инокине старец говорил: «Это последнее испытание — потерял слух и голос». Между тем епископ Виталий намеревался лично приехать в Шамордино и вывезти старца в Оптину. «Батюшка, как нам встречать владыку?» — спрашивали преподобного сестры. «Не мы его, а он нас встречать будет», — отвечал старец. «Что для владыки петь?» — «Мы ему пропоем аллилуию».