В марте 1892 года иеромонах Тихон был переведен в город Холм Люблинской губернии Царства Польского (ныне город Хелм в Польше) — инспектором Холмской духовной семинарии. Уже в мае того же года его перевели в Казань — ректором семинарии — с возведением в сан архимандрита. Однако вскоре освободилось место ректора Холмской семинарии, и архимандрит Тихон получил его. Он возвращается в Холм, где одновременно с работой по руководству семинарией несет множество епархиальных должностей: благочинного монастырей Холмско-Варшавской епархии, члена, а затем председателя Холмского отделения епархиального училищного совета, председателя Холмского Свято-Богородицкого православного братства.

«Религиозная и народная жизнь Холмщины, — писал впоследствии митрополит Евлогий (Георгиевский), бывший преемником святителя Тихона на посту ректора Холмской семинарии, — была сложная. В ней скрещивались и переплетались разнородные религиозные течения, воздействия разных культурных наслоений, обусловленные всем историческим прошлым этого края: Русь и православие — как исторический фундамент; Польша и католичество в виде унии — как дальнейшее наслоение».

За пять лет управления духовной школой молодой ректор успел проявить талант воспитателя и организатора. Его полюбили не только воспитанники семинарии, но и местное население. «Архимандрит Тихон, — вспоминал митрополит Евлогий, — был очень популярен и в семинарии, и среди народа. Местные священники приглашали его на храмовые праздники. Милый и обаятельный, он всюду был желанным гостем, всех располагал к себе, оживлял любое собрание, в его обществе всем было весело, приятно, легко. Будучи ректором, он сумел завязать живые и прочные отношения с народом — и этот же путь он указал и мне».

Стараниями архимандрита Тихона в семинарии был устроен второй храм — во имя святителя Феодосия Черниговского. Храм обустраивался исключительно на средства жертвователей, среди которых первыми были отец Иоанн Кронштадтский и служащие Холмской семинарии. В этом храме совершалось ежедневное богослужение, причем каждый из шести классов имел свой день для клиросного послушания. «Архимандрит Тихон, — писал тот же Евлогий, — обладал большою житейской мудростью, был человек такта и чувства меры; несмотря на свойственные ему мягкость и добродушие умел настойчиво проводить полезные мероприятия».

Еще в конце 1896 года архиепископ Холмско-Варшавский Флавиан сделал представление Святейшему Синоду о назначении архимандрита Тихона на освободившееся место викария Холмско-Варшавской епархии, епископа Люблинского. Представление было отклонено ввиду того, что кандидату в епископы не исполнилось еще и тридцати двух лет, притом что, по правилам Церкви, требовалось, чтобы епископ был не моложе тридцати трех лет. Архиепископ Флавиан около года оставался без викария и вновь подал то же ходатайство, которое на этот раз было принято.