Революцию 1905–1907 годов он воспринял как национальную катастрофу. Кронштадтский батюшка призывал русских людей к единству — разумеется, под знаменами православия и монархизма — и резко осуждал зачинщиков революции, к которым причислял не только самих революционеров, но и интеллигентов-либералов. В ноябре 1906 года протоиерей Иоанн освящал хоругвь и знамя Союза русского народа — радикальной монархической и контрреволюционной организации, а 15 октября 1907 года был избран почетным членом этого Союза. В мае 1908 года он принимал у себя в Доме трудолюбия делегацию из 49 правых депутатов Государственной думы во главе с епископом Холмским Евлогием (Георгиевским) и убеждал их твердо отстаивать самодержавие и препятствовать утверждению в России либеральных свобод.

Вполне понятно, что такая резкая и решительная позиция отца Иоанна вызывала яростные нападки со стороны «левой» русской прессы, представляющей как раз те силы, которые были заинтересованы в ликвидации монархии и подавлении православия в России. Началась настоящая травля отца Иоанна Кронштадтского, которого называли не иначе как крайним реакционером, черносотенцем, мракобесом, шарлатаном и т. д. (Особенно эти нападки усилились в годы Первой русской революции.) Дело доходило до физических угроз и даже избиений кронштадтского проповедника. Либеральную интеллигенцию коробили высказывания отца Иоанна в ее адрес, тем более что сами интеллигенты привычно считали именно себя «властителями дум» в современной России. Неприязнь со стороны просвещенной части общества вызывали резкие обвинения отца Иоанна в адрес Льва Николаевича Толстого, который, несомненно, был величайшим писателем России, но который сам отверг учение Церкви, ее догматы, таинства и тем самым фактически поставил себя вне Православия. Иоанн Кронштадтский выступил с многочисленными обличениями антицерковного и еретического учения Толстого (в 1902 году была выпущена отдельная брошюра отца Иоанна Сергиева «Против графа Льва Н. Толстого, других еретиков и сектантов нашего времени и раскольников»), и не в последнюю очередь благодаря этим обличениям в феврале 1901 года великий писатель был отлучен Священным Синодом от Церкви.

Время многое расставило по местам. Сегодня ясно, что отец Иоанн смотрел значительно дальше своих идеологических противников. Как и предупреждал он, именно торжество либеральных идей и привело в очень короткий срок к величайшей катастрофе в истории России, в ходе которой оказались отброшенными и уничтоженными как сами эти либеральные теории и идеи, так и их приверженцы. Что же касается споров отца Иоанна Кронштадтского и Л. Н. Толстого, то приведем суждение их современника, выдающегося русского публициста М. О. Меньшикова (лично знавшего обоих). Два этих великих человека представляли собой как бы два противоположных полюса русской культуры. «Бурно мятущийся и гневный Толстой — самое великое, что создала интеллигенция наша. Неподвижный и пламенный в своей вере отец Иоанн — самое великое, что создал простой народ за последние 80 лет. Отец Иоанн — носитель народной культуры, от Антония и Феодосия Печерских, от Сергия Радонежского до Тихона Задонского и Серафима Саровского. Плоть от благороднейшей плоти народной, кость от кости его, кронштадтский старец не мечтал только о Святой Руси, как Толстой, а сам был Святой Русью, сам нес ее в своем сердце!»