На следующий день, 5 ноября, в переполненном храме Христа Спасителя состоялись выборы первосвятителя Русской Церкви. Руководил церемонией и совершал литургию митрополит Киевский и Галицкий Владимир (Богоявленский), старейший из иерархов Русской Церкви. Имена трех кандидатов на патриарший престол были написаны на трех одинаковых пергаменах, свернутых в трубочку и положенных в особый ковчежец. По совершении Божественной литургии старец схииеромонах Алексий, затворник Зосимовой пустыни (недалеко от Троице-Сергиевой лавры), после долгой молитвы вынул из ковчежца жребий с именем Тихона, митрополита Московского. «Словно электрическая искра пробежала по молящимся, — вспоминал митрополит Евлогий (Георгиевский), присутствовавший тогда в соборе. — Раздался возглас митрополита „Аксиос!“ („Достоин!“ — Авт.), который потонул в единодушном „Аксиос!.. Аксиос!“ духовенства и народа. Ликование охватило всех. У многих на глазах были слезы. Чувствовалось, что избрание патриарха для всех радость обретения в дни русской смуты заступника, предстателя и молитвенника за русский народ»

Сам святитель Тихон, как и другие кандидаты, на литургии не присутствовал, ожидая исхода голосования в церкви Троицкого подворья. Сюда и направилась делегация Собора, чтобы возвестить ему Божью волю. 7 ноября святитель уехал в Троице-Сергиеву лавру, чтобы готовиться там к интронизации (торжественному возведению на престол). В праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, 21 ноября 1917 года, в Успенском соборе Московского Кремля, в присутствии бесчисленного множества народа, заполонившего не только всю Соборную площадь, но и весь Кремль, и Красную площадь, и близлежащие улицы, состоялась интронизация патриарха Тихона. Торжественную церемонию проводили митрополит Киевский Владимир и митрополит Тифлисский Платон, экзарх Грузии. Так Россия получила нового патриарха — первого после двухсотвосемнадцатилетнего перерыва.

«Патриаршество восстанавливается на Руси в грозные дни, среди огня и орудийной смертоносной пальбы, — сказал святитель в своем обращении к народу в день интронизации. — Вероятно, и само оно принуждено будет не раз прибегать к мерам запрещения для вразумления непокорных и для восстановления порядка церковного. Но как в древности пророку Илии явился Господь не в буре, не в трусе, не в огне, а в прохладе, в веянии тихого ветерка, так и ныне на наши малодушные укоры: Господи, сыны Российские оставили завет Твой, разрушили Твои жертвенники, стреляли по храмовым и кремлевским святыням, избивали священников Твоих — слышится тихое веяние словес Твоих. Еще семь тысяч мужей не преклонили колена пред современным Ваалом и не изменили Богу истинному. И Господь как бы говорит мне так: „Иди и разыщи тех, ради коих пока еще стоит и держится Русская земля. Но не оставляй и заблудших овец, обреченных на погибель, на заклание, овец, поистине жалких. Паси их, и для сего возьми жезл сей благоволения. С ним потерявшуюся — отыщи, угнанную — возврати, пораженную — перевяжи, больную — укрепи, разжиревшую и буйную — истреби. Паси их по правде“. В сем да поможет мне Сам Пастыреначальник, молитвами и предстательством Пресвятыя Богородицы и святителей Московских». Эти слова стали настоящей программой действий патриарха Тихона на посту первосвятителя Русской Церкви.