Тем временем революция в России набирала силу. Началась гражданская война. Одной из главных жертв захлестнувшей страну волны террора становилась Церковь.

В начале февраля 1918 года, среди прочих, был подписан декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. На местах он был воспринят как сигнал не просто к наступлению на Церковь, но по существу к уничтожению Церкви. Повсеместно закрываются домашние церкви (первый шаг к последующему закрытию всех церквей), закрываются все духовные учебные заведения, прекращается преподавание Закона Божия в школах. Имущество Церкви объявляется государственным, и это касается храмов, монастырей, церковного имущества, утвари и т. п. Церкви оскверняются, чтимые народом обители (как, например, Александро-Невская лавра в Петрограде или Почаевская лавра на Украине) захватываются безбожниками; монастыри объявляются неким абстрактным «народным достоянием», а на деле превращаются в застенки или постоялые дворы. Сама православная вера открыто провозглашается предрассудком, суеверием; повсюду выламывают и выбрасывают кресты — символ христианства, глумятся над чудотворными иконами, святыми мощами. В кровавом месиве гражданской войны гибнут сначала десятки и сотни, а затем тысячи священнослужителей. В ответ на это в Москве и других городах организуются многотысячные крестные ходы с хоругвями и чудотворными иконами. В Туле и Шацке крестные ходы расстреляны из пулеметов.

25 января (7 февраля) 1918 года в Киеве был зверски убит митрополит Киевский и Галицкий Владимир — тот самый, который вручил святителю Тихону символ патриаршей власти, посох святого митрополита Петра. (В 1992 году святитель Владимир Киевский причтен Церковью к лику святых.) И эта жертва, к несчастью, оказалась далеко не единственной. Казалось, возвращаются страшные времена гонений на первых христиан. Множится сонм новомучеников и исповедников Русской Церкви. В том же 1918 году и позднее принимают мученическую смерть архиепископ Пермский и Кунгурский Андроник, его викарий епископ Соликамский Феофан, архиепископ Черниговский Василий, епископы Ермоген Тобольский и Сибирский, Амвросий Сарапульский, Мефодий Петропавловский, Никодим Белгородский, Иоаким Нижегородский и другие, бесчисленное множество настоятелей храмов, священников, иноков и инокинь. Многие принимают мучительную, жуткую смерть, многих убивают с глумлением, с издевкой, надругаясь над их религиозными чувствами.

Патриарх не остается в стороне, но возвышает свой голос в защиту Православия. Еще в январе 1918 года по всей России расходится его послание с анафематствованием гонителей Церкви и сеятелей братоубийственной брани.