Переживаемый Юрием духовный кризис тем не менее имеет более глубокие истоки, чем его роль в несчастливой судьбе Риточки. Кризис начинается, когда рассказчик и его жена, бенефициарии хрущевской кампании жилстроительства, получают собственную отдельную квартиру. Обретенный материальный комфорт, вместо того чтобы принести герою удовлетворение, порождает новые ожидания и дальнейшие неудовлетворенные желания. Рассказчик втягивается в погоню за повседневными нуждами – мебелью, отделкой квартиры, проектами благоустройства жилья, – но он больше не понимает цели этих непрестанных усилий. Ощущая отчужденность и подавленность, Юрий начинает задаваться вопросами о причинах своей духовной опустошенности и задумываться, может ли быть в жизни что-то большее, чем карьерный рост и материальное благополучие.

Поиски смысла приводят Юрия в маленькую деревушку в российской глубинке, где он снимает койку в доме пожилой женщины, у которой единственная отрада в жизни – тоже несчастливой, но на иной лад, – религиозность. Продолжая поиски истины, он вступает в споры и с молодым деревенским священником, и с местной религиозной «фанатичкой» (которая из‐за попытки остановить разрушение сельской церкви в годы сталинской культурной революции провела двадцать лет в лагерях). Юрий проводит дни в колхозе, копая строительные котлованы и пытаясь объяснить озадаченным колхозникам, почему он отверг комфорт советской мечты, чтобы заниматься физическим трудом в глухой деревне. Тот же вопрос он задает самому себе, но не может найти адекватный ответ и через несколько недель возвращается в Москву, осознав, что религия не может дать ответы, которых он ищет.

Возвратив в финале Юрия в лоно советской жизни, Тендряков, на первый взгляд, последовал мастер-нарративу советской коммунистической идеологии, но тем не менее вызвал неодобрение руководства Коммунистической партии. С партийной точки зрения биографическая траектория героя Тендрякова – который совершает путь из города в деревню, от современности к отсталости, от знания к вере, – ставила под вопрос прогрессистские цели советского коммунистического проекта, а финальное возвращение героя к атеизму казалось неправдоподобным. Как было сказано в докладной записке ЦК КПСС, в повести «Апостольская командировка» «атеисты… изображены людьми малопривлекательными; обращение героя повести к религии выглядит более убедительно, чем его возврат к атеизму»792. Вместо того чтобы найти удовлетворение в материальных и духовных посулах советской коммунистической идеологии, протагонист повести Тендрякова обращается к религии793. Да, в конце концов он видит ошибочность своего пути и отвергает религиозные ответы на свои вопросы, но он так и не достигает другого берега: атеистических убеждений.