Жизнь и работа Ордена регулируется Конституцей, утвержденной Святым Престолом (апостолическое послание от 24. 06. 1961 г.) и Кодексом (Сводом Законов), вступившем в силу 01. 11. 1966 г. Кодекс де Рогана, изданный Великим Магистром де Роганом в XVIII веке, сохраняет свою действенность как дополнительный правовой источник, в тех случаях, когда его положения применимы и не противоречат вышеуказанным двум другим источникам законности. Юридические вопросы и проблемы, имеющие для Ордена интерес и значение, разбираются Консультативным Юридическим Советом, назначаемым Великим Магистром с согласия Суверенного Совета.

Суверенный Мальтийский Орден имеет собственные суды первой инстанции и апелляционные суды с председателями, судьями, законоблюстителями и помощниками с правом совещательного голоса Суверенного Совета, утвержденными Великим Магистром. Апелляции по приговорам орденских судов могут подаваться в Кассационный Суд Государства Ватикан, который в таких случаях, действует по доверенности от имени Ордена, может исполнять функции Верховного суда, Коллегии Аудиторов, избираемых Генеральным Капитулом, контролирует доходы и расходы Ордена.

По утверждению своих собственных историков, Суверенный Военный Мальтийский Орден (с центром в Риме) представляет собой единственное непрерывное и последовательное продолжение Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского, основанного в 1099 г. и официально признанного в 1113 г. Только он, по их мнению, является религиозным Орденом Католической Церкви и в то же время Католическим Рыцарским Орденом. Только он, по заявлениям своих официальных историографов и юристов, содержит в себе руководящее ядро принесших обеты Рыцарей Справедливости, прямых преемников его основателей, из числа которых избирается Великий Магистр и большинство членов Суверенного Совета и которые стоят выше светских рыцарей (мирян), число которых резко увеличилось со времен падения владычества ордена на Мальте. По утверждению хронистов Суверенного Военного Мальтийского Ордена, Сообщество наций никогда не переставало признавать Орден в качестве суверенного и независимого от любой светской власти субъекта международного права.

Орден осуществляет суверенные функции непрерывно с тех далеких дней, когда он владел островом Родос. Суверенные функции включают в себя не только способность заключать международные соглашения, устанавливать и поддерживать дипломатические отношения, но и участвовать в международных организациях, выпускать собственную валюту, иметь собственное почтовое ведомство, собственную финансовую систему, собственную независимую юридическую систему с активным и пассивным правом законодательства. Эти факты являются неоспоримым доказательством уникальной исторической идентичности и аутентичности Ордена.