Суверенитет Мальтийского Ордена выражен в двоевластии Верховного Главы Ордена, который является — в одном лице — суверенным Князем (Принцем) и Великим Магистром, с одной стороны, и Советов — Суверенного Совета, Генерального Капитула, Общего Государственного Совета, с другой. Генеральным Капитулом называется высшее собрание рыцарей, оно созывается по обычаю каждые пять лет и избирает членов Суверенного Совета, в то время как Общий Государственный Совет созывается с целью избрания Великого Магистра или Лейтенанта. Оба Совета — Генеральный Совет и Общий Государственный Совет — состоят из представителей Великих Приоратов (Великих Приорств, Великих Приорий), Приоратов (Приорств, Приорий), Суб-Приоратов (Суб-Приорств, Суб-Приорий) и Национальных ассоциаций (деления на «языки» больше не существует), которые являются составными частями организма Ордена в различных странах по всему миру.

Цели Суверенного Мальтийского Ордена изложены в статье 2 орденской Конституции. Они заключаются в следующем:

— Орден считает своей задачей, в соответствии с многовековой традицией приумножать честь Господа освящением членов Ордена со службой во славу веры и Святого Престола, на благо ближнего своего.

— Верный божественным заповедям и наставлениям Господа нашего Иисуса Христа, направляемый учением Церкви, Орден поддерживает христианские добродетели братства и любви к ближнему, содействует им, творит милосердие, оказывая помощь больным, эмигрантам, беженцам, беспризорным детям и бедным. Он печется об укреплении их духа и веры; активно поддерживает католические миссии. Орден всегда готов прийти на помощь жертвам стихийных бедствий и пострадавшим в войнах.

— Медицинские подразделения Ордена построены и действуют в соответствии с международными конвенциями и в рамках законодательства государств, с которыми заключены соответствующие соглашения.

Суверенный Мальтийский Орден имеет собственные миссии в Бельгии, Германии, Монако, Франции и Швейцарии и представлен делегациями в ООН в Нью-Йорке (Орден имеет статус постоянного наблюдателя при ООН — но отнюдь не в качестве «суверенного объекта международного права», а в качестве общественной организации!), Комиссии Европейского Сообщества, Совета Европы, в бюро ООН (UNO) и штаб-квартирах международных организаций в Женеве, ЮНЕСКО (UNESCO), FAO, IAEA, UNIDO, Организации Центрально-Американских государств, Международном Институте Прав человека, Международном Институте Унификации Частного Права и других международных организациях и комитетах…

Его Преимущественнейшее Высочество Князь и Великий Магистр при посредстве Суверенного Совета управляет Суверенным Мальтийским Орденом, распространенным по всему миру активным субъектом международного права, который, никогда не отказываясь от своей исконной цели — защиты христианства, ныне посвятил себя преимущественно оказанию всесторонней помощи в медицинской, социальной и гуманитарной сферах в самом широком смысле этих слов, без какой-либо дискриминации по религиозному или идеологическому признаку.