1. Айны родственны индоевропейцам (кавкасионной, или кавказской, расе) – этой теории придерживались Дж. Бэчелор и С. Мураяма (ее сторонники и по сей день считают айнов исконным белым населением Японских островов);

2. Айны родственны австронезийцам и пришли на Японские острова с юга – эту доминировавшую в советской этнографии теорию выдвинул Л.Я. Штернберг;

3. Айны родственны палеоазиатским народностям и пришли на Японские острова с севера (из Сибири) – этой точки зрения придерживаются, в основном, японские антропологи.

Несмотря на то, что теория Л.Я. Штернберга об айнско-австронезийском родстве не подтвердились, хотя бы потому, что культура айну в Японии намного древнее культуры австронезийцев в Индонезии, сама по себе гипотеза южного происхождения айнов в настоящее время представляется более перспективной в виду того, что в последнее время появились определенные лингвистические, генетические и этнографические данные, позволяющие предполагать, что айны могут быть дальними родственниками народов мяо-яо, проживающих в Южном Китае и в странах Юго-Восточной Азии.

Пока что доподлинно известно, что по основным антропологическим показателям айны очень сильно отличаются от японцев, корейцев, нивхов, ительменов, полинезийцев, индонезийцев, австралийских аборигенов и, вообще, от всех популяций Дальневосточного и Тихоокеанского регионов, а сближаются только с людьми эпохи Дзёмон, являющихся, по мнению многих ученых, непосредственными предками исторических айнов. По их мнению, нет большой ошибки в том, чтобы ставить знак равенства между людьми эпохи Дзёмон и айнами.

Итак, согласно данной версии, айны появились на Японских островах примерно за тридцать тысяч лет до Р.Х. и создали там неолитическую культуру Дзёмон. Как уже говорилось выше, нам пока что достоверно не известно, откуда именно айны пришли на Японские острова, но не подлежит сомнению, что в эпоху Дзёмон айны населяли все острова – от Рюкю до Хоккайдо, а также южную половину острова Сахалин, Курильские острова и южную треть Камчатского полуострова. Об этом свидетельствуют результаты археологических раскопок и данные топонимики, например: Цусима – «туйма» – «далекий», Фудзи – «хуци» – «бабушка» – камуй очага, Цукуба – «ту ку па»– «голова двух луков»/«двухлуковая гора», и даже название упоминаемого в древних китайских летописях расположенного на Японских островах государства «Яматай» (традиционно отождествляемое с древней японской державой Ямато) – «Я ма та и» – «место, где море рассекает сушу». Очень возможно, что легендарное государство Яматай (Яматаи)-Ямато, о котором говорится в китайских хрониках, было не древнеяпонским, а древнеайнским государством, или, в крайнем случае, наряду с древнеяпонским государством Ямато какое-то время существовало древнеайнское государство Яматай. Немало сведений о топонимах айнского происхождения на японском острове Хонсю можно найти в работах японского ученого Киндаити Кёсукэ.